卡卡西沒有留給博人反抗的機會，他指出博人缺少忍者的覺悟，并直言忍者學校的眾人全都沒有真正重視忍者這個職業，而這全都是受到了博人的影響。巳月和巖部趕到后救走了博人，卡卡西的話讓博人非常自責，但同伴們卻認為博人帶給自己的更多是積極的一面，在同伴們的鼓勵下博人重新振作了起來，新一輪的攻防開始了。

董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

陶謙手下因為圖財害命而殺曹操之父，曹操（鮑國安飾）為報殺父之仇，領兵殺赴徐州陶謙。糜竺前往孔融處請求救兵，正在孔融處投靠的劉備（孫彥軍飾）、關羽（陸樹銘飾）、張飛（李靖飛飾）三人決定前往救助徐州。陶謙感激劉備的仁義，加之自己老邁多病，欲讓出徐州，但劉備只因大義而來相助，并非想吞并徐州，因而一讓再讓，并提出先退曹操之兵。此時曹操收到消息，呂布攻陷山東，曹操依郭嘉之計退兵山東。陶謙再讓徐州，劉備依然拒絕，暫居小沛。曹操大敗呂布，呂布欲投劉備。陶謙病重，三讓徐州與劉備，劉備最終領下徐州。

孫策（濮存昕飾）占領江東后，聲勢大震，常有攻打許都之心，許貢告密于曹操，被孫策兵馬抓獲。孫策與張昭游街的時候，遇見被民間稱為“神仙”的于吉，見城中百姓皆行跪拜之禮，大怒。在出城散心中碰到殺手，被刺傷。不久孫策傷勢見好，于吉又在城中施符水，正巧孫策正在召眾臣商討討伐許都之事，遂勃然大怒，一劍刺向于吉。于吉死后，孫策不久傷口復發而亡，其弟孫權統領江東。

佐助等人朝著信的巢穴前進，途中他們遭到了眾多克隆體的攻擊，雖是克隆體但鳴人并沒打算下重手，在鳴人壓制克隆體時佐助與佐良娜先行一步援助小櫻。確定信沒有同伙后小櫻展開了攻勢，在和佐助匯合后信被完全壓制，所有的克隆體全部集中到了信的周圍，但他們做的第一件事竟然是殺死了信，在信不知道的情況下克隆體們實施著自己的計劃。