莫愁救出的那位女子自稱是《紅樓夢》作者曹雪芹之妻湘云，因慕紀曉嵐之名，特意拜訪，希望能借助正在編纂《四庫全書》的紀大人之手，使“紅樓”重見天日。紀曉嵐與寄居其府宅“閱微草堂”的小月、莫愁為書中情節所感染，急欲一睹作者面目，一起來到香山紅葉村，眼前的景象卻著實凄涼：殘垣斷墻，人去室空，只有作者遺像懸掛在墻上。正身傷感，卻被福康安的大隊人馬圍堵，說是要搜捕反清復明的殘孽余黨。 利用《紅樓夢》這部所謂的反書，福康安落井下石，將紀曉嵐投入天牢，和幸災樂禍，假意探望。正當小月、莫愁一籌莫展，從泰山而來的皇上口諭意外地救了他們。原來太后嗜好紀府以中藥炮制的話梅，限期二日之內速送至泰安府。剛剛在第一回合的較量中占了風頭的和雖不甘就此罷休，憚于太后、皇上之命，放了紀曉嵐出獄。 湘云怕《紅樓夢》書稿被抄沒和失落，執意要求由紀曉嵐來保管，面對她的信任，紀曉嵐決心不惜身家性命，定為這部千古奇書盡了綿薄之力，使之盡早刊行于世。

蘇姑娘看穿和為人，要小月轉告紀大人，少與之沖突，以免吃虧，卿憐且修無字書一封，令紀曉嵐更是憐其有，如何救他出樊籠呢？小月自告奮勇，冒險以和孝公主的龍派放走了卿憐。 為防貪官滋生不已，皇上集思廣益，和信口雌黃，滿嘴歪理，紀曉嵐抓住漏洞，窮追不舍，看到兩個心腹的臣子背道而弛，互相作對，皇上倒不失坦率，自承為君之道：左右逢源，坐收漁利。 卿憐失蹤，皇上激怒，遷罪于紀曉嵐，罰他作崇文門守軍，看到老對頭倒霉，和簡直是心花怒放，得決忘形。莫愁因屢建奇功，加之性情乖巧，善解人意，頗受皇上器重，她的求情皇上自然聽得進去，何況皇上愛才，亦不忍不愿失去博學廣記，足智多謀的大學士，只是借故懲罰這個膽敢冒犯自己的人。皇上借“對詩”作理由，令和尋訪蘇姑娘。和無奈，只得厚著臉皮向紀曉嵐討教。為此小事一樁，和動員各地黨羽興師動眾，其結黨營私的做派令紀曉嵐十分厭惡，于上卻勸他“難得糊涂”。

和珅將顏家平反的功勞全攬到自己身上，將紀曉嵐說的一無是處。如玉受到蒙騙，懇請和珅幫自己報仇。和珅將偽造的金煙桿交給如玉，讓其盜出真煙桿以陷害紀曉嵐。如玉讓戴沾里應外合，戴沾只得勉強答應。戴沾見如玉成功，為表示自己因為此舉而深感愧疚，要放棄修書。乾隆與和珅夜訪紀府，紀曉嵐在和珅的慫恿下拿出金煙桿，卻發現煙桿為偽造之物，紀曉嵐愕然。劉全建議和珅殺如玉滅口，以掩蓋煙桿之謎。和珅突然升起憐香惜玉之情。紀曉嵐為煙桿之事一籌莫展，隱隱感覺此事與和珅有關。從紀曉嵐口中得知戴沾已替自己攬下全部罪責，如玉頓時亂了方寸。戴沾表示自己并沒有認罪，如玉方才察覺自己已中了紀曉嵐的圈套。兩人爭相要替對方承擔罪責。如玉決定自首。一個殺手受劉全指使，謊稱替紀曉嵐來接如玉。如玉被帶至一荒廟。就在殺手要下手時，小月趕到，救出如玉，并告訴其和珅的真實面目，鼓勵如玉狀告和珅。

紀曉嵐夜讀時又接到被扔進窗子的紙條，上面寫有郭天的消息，紀曉嵐懷疑黑衣人正是張了了。紀曉嵐夜探郭天，得到通報的和珅與盧焯眼見沒有退路，只得慌忙扮成囚犯躺在隔壁囚房。乾隆看到瑤琴乘坐的馬車很是欣喜，不料落入盧安的圈套，也被一同押走。乾隆三人被關在洞中，外面重兵把守。乾隆佯裝自殺以騙過盧安，再見機救出瑤琴。紀曉嵐終于醒悟，誓要擺脫情感糾葛，全力調查國庫虧空一案。紀曉嵐扮作江湖郎中，偶遇掌管賬本的宋司庫，以自己掌握的情況博得宋司庫信任，并抓住其惶恐的心理，以消災為由取得真賬本。和珅模不透紀曉嵐葫蘆里賣的是什么藥，便決定先下手為強，命盧安將瑤琴押回杭州以要挾郭天認罪，卻沒料到乾隆在盧安即將動身時救出瑤琴。

京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。