小蘭開始懷疑柯南的身份就是新一，拾到柯南遺落的手機(jī)的小蘭，想用發(fā)送手機(jī)郵件的方法來確認(rèn)真相。當(dāng)小蘭按下了電源開關(guān),卻出現(xiàn)手機(jī)解鎖的畫面。正當(dāng)她為解除4位密碼冥思苦想時(shí)，小蘭回想起半年前與新一的約會(huì)并解出了密碼。但發(fā)送給新一的郵件卻并沒有發(fā)送到柯南的手機(jī)上，而這時(shí)新一也打來了詢問的電話，最終小蘭打消了對(duì)柯南的懷疑。

警方在繩子和藥瓶上發(fā)現(xiàn)的指紋居然不是屋子里任何一個(gè)人的，那么就排除了他們犯案的可能，再休息之前柯南建議警察再次對(duì)他們每個(gè)人的怪癖進(jìn)行調(diào)查確認(rèn)，然而，卻并沒有發(fā)現(xiàn)有何異常，案件一度遭遇瓶頸，到底是忽略了哪里的線索？這時(shí)，小蘭無意中的一句話提醒了柯南，原來犯案的不止一人。

小五郎一直暗地里跟蹤的人見松一郎，突然在米花飯店墜樓身亡，出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的還有一個(gè)叫南里熏的女人，但她卻十分肯定自己從不認(rèn)識(shí)死者。與此同時(shí)，他的雙胞胎弟弟人見竹彥，也在杯戶鎮(zhèn)的家中被人殺害，并且案發(fā)時(shí)他的妻子加奈子為了調(diào)和兄弟二人的關(guān)系，外出與松一郎會(huì)面。兄弟兩人在同一時(shí)間死在不同的地方，難道這真的是傳說中的心靈相通？

在案件調(diào)查過程中小蘭對(duì)柯南的身份起疑，于是，她緊盯柯南的一舉一動(dòng)，就在她向新一的手機(jī)發(fā)送信息想要證實(shí)自己的想法時(shí)，狩谷家的門鈴再次響起，可門口卻沒有人，仆人說這種惡作劇時(shí)常發(fā)生。之后，警方又對(duì)家中的三個(gè)嫌疑人進(jìn)行偵訊，并在柯南的引導(dǎo)下推理出了事情的真相，沒想到兇手竟然與12年前的案件有關(guān)聯(lián)。

某天，一個(gè)自稱杉森政人的作家找到小林老師，說想要采訪少年偵探團(tuán)，得知這個(gè)消息后，元太、步美和光彥三人盛裝打扮，大家在小林老師的帶領(lǐng)下來到了杉森家，卻發(fā)現(xiàn)他的頭部遭人重?fù)簦阉烙诩抑校浇?jīng)過調(diào)查將嫌疑人士鎖定于在答錄機(jī)中留言的四人，而在這期間，讓柯南頭大的不止有案情還有一臉疑惑看著柯南推理的小林老師。