緊張的氣氛不僅圍繞在賽場(chǎng)上，在場(chǎng)下尋找另一支寫有其他線索手機(jī)的柯南、服部和大龍警官也正在絞盡腦汁的破解暗號(hào)，柯南還特意借來小五郎的收音機(jī)以方便了解賽場(chǎng)上的情況，所幸在第二支手機(jī)響起之時(shí)被服部順利找到，可接下來等待他們的卻是另外一組費(fèi)解的數(shù)字，經(jīng)過商量，三人決定分頭行動(dòng)，雖然最終還是找到了第三只手機(jī)，但里面的所留下的線索只有一個(gè)括號(hào)和數(shù)字13，柯南和服部能否解開這個(gè)不同于前兩次的數(shù)字暗號(hào)？

阿笠博士和小蘭帶少年偵探隊(duì)去露營(yíng)的時(shí)候，正巧碰到了一對(duì)因帳篷而發(fā)生口角的情侶，他們離開之后，柯南等人占領(lǐng)了他們?cè)葴?zhǔn)備搭建帳篷的樹蔭，不料這時(shí)，正在帳篷里熟睡的小蘭被不明人士綁走，之后，警方在一個(gè)懸崖下發(fā)現(xiàn)了歹徒的車子，根據(jù)歹徒遺留下來的手機(jī)，小蘭很有可能在15點(diǎn)之前被人殺害，到底是誰綁架了小蘭？柯南他們能否在15點(diǎn)之前找到小蘭呢？

阿笠博士帶少年偵探隊(duì)一起去露營(yíng)，就在柯南和灰原討論黑暗組織的事時(shí)，原本撿木材的元太等人氣喘吁吁的跑回來說發(fā)現(xiàn)了一個(gè)刻有字的石燈籠，于是柯南等人隨他們來到發(fā)現(xiàn)石燈籠的大宅院，沒想到他們又在這里發(fā)現(xiàn)了一具被人勒死的尸體，這里到底發(fā)生過什么？柯南將石燈籠暗號(hào)破解，居然是關(guān)于寶藏的信息。

大家找到校長(zhǎng)詢問他下雨的時(shí)候是否出現(xiàn)在操場(chǎng)，沒想到卻得到了否定的回答，為了證實(shí)校長(zhǎng)的說法，柯南又來找了在保健室休息的世古國(guó)繁，因?yàn)樗c保坂從小一起長(zhǎng)大，所以又了解了更多關(guān)于保坂的事情，這時(shí)，小蘭在走廊的木板上發(fā)現(xiàn)污漬，柯南將這些污漬與操場(chǎng)上出現(xiàn)的刮痕相聯(lián)系，沒錯(cuò)，制造靈異事件的就是那個(gè)人!

為了做天體觀測(cè)，阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來到一個(gè)坐落在深山里的旅館，期間結(jié)識(shí)了旅館老板天土，以及應(yīng)邀而來的野之宮悅子、二川和御上。就在大家準(zhǔn)備上山看星星的時(shí)候，居然發(fā)現(xiàn)了一具已經(jīng)化為白骨的尸體，死者還故意留下了死亡訊息——六根煙頭，當(dāng)晚，二川的尸體被少年偵探隊(duì)發(fā)現(xiàn)，并且他的手中也握著煙頭。