毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計劃在倉庫抓住罪犯的現行，不料卻發現谷崎死在了反鎖的房間里。正當案件一籌莫展時，谷崎生前研究的老鼠機器人引起了柯南的注意。

利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發現倉庫一片狼藉，在若狹老師不經意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設計誤導犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網打盡？

警察開始調查帳篷燃燒的原因，籃球社的成員都有不在場證明。柯南從段野的證詞那里發現了奇怪之處，黑田管理官也發覺了異樣，這不是一起意外自殺，而是故意殺人事件。柯南從大家做的橡子挑擔偶人得到了啟發，懷疑是有人做了一個自動起火裝置故意暗殺了漆原史昭。

平次陪同和葉一起來到東京，準備約小蘭與柯南一起去看彩燈。由于和葉要幫助小蘭一起做飯，平次和柯南便去樓下的白羅咖啡館打發時間。二人來到咖啡店閑聊，隔壁桌是四位來咖啡館慶生的大學生。為了一起觀看慶生視頻，其中一名男學生掏出了筆記本電腦，不料卻在插上電的一瞬間導致總閘跳閘，咖啡店內瞬間一片漆黑，并有人發出一聲慘叫。當店員急忙重新打開總閘時，眾人卻發現該名男學生倒在了血泊之中……

"米小圈睡得模模糊糊，他打開鬧鐘一看，呀，時間已經到了上午10點多了，米小圈嚇得連忙喊爸爸也起床，父子倆一個要上班，一個要上學，他們趕緊刷牙洗臉，順便喊媽媽準備全家人的早餐，媽媽睡眼惺忪地來到他們身邊，她定睛看了看鬧鐘，原來鬧鐘放反了，現在才凌晨2點多，米小圈趕緊又回到床上休息，普通又忙碌的一天，就這樣拉開了序幕。上午老師給全班同學留了一道作文題，名字叫《我的朋友》，米小圈想來想去，他覺得自己的朋友實在太少了，忍不住傷心的哭了起來，父親看到孩子在抹眼淚，關切地坐在他身旁問怎么回事，米小圈問爸爸有沒有朋友，嗯，至于朋友這件事，他的父親從來沒有想過，于是隨口感嘆，他好像一直都沒有朋友，說完這句話，父親也感覺到深深的悲哀，忍不住痛哭起來，母親看到父子倆如此悲戚，無奈搖搖頭。最近《十萬個為什么》在小朋友身邊非常流行，放學后米小圈和同學車馳一起討論《十萬個為什么》里面的內容，嗯，這個車馳實在見識廣博，米小圈站在他面前，簡直就像一個三歲的小朋友，自我感覺實在太孤陋寡聞，他決定今后少和車馳小朋友在一起探討有關科學方面的問題。轉眼就到作文課了，老師讓小朋友們逐個上臺演講，說一說他的好朋友，同學們一個又