阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來到岡山縣倉(cāng)敷市展開了一場(chǎng)古代史之旅，他們?cè)谶@里結(jié)識(shí)了因同學(xué)會(huì)而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來的暗號(hào)進(jìn)行尋寶時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)那五人中的一人突然死亡，另外一個(gè)則被當(dāng)做重要關(guān)系人接受調(diào)查，根據(jù)少年偵探隊(duì)所找到的時(shí)光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個(gè)時(shí)光保存罐。

柯南和小蘭跟著小五郎一起來到鹿兒島，隨后三人就立即就去拜訪一個(gè)叫高隈的制酒廠，酒廠老板娘白石扶美子帶著這三人四處參觀的時(shí)候，卻不幸發(fā)生了意外，大家在董事辰村慎介的家中發(fā)現(xiàn)地上留有一灘血，而他本人也知了去向，經(jīng)過兩天的尋找辰村的尸體在公園里被人發(fā)現(xiàn)，而酒廠的所有人都成了此次案件的嫌疑人。

茱蒂用槍破壞了附近的灑水器，隨意噴灑的水讓所有人都以為下起了雨，大家紛紛拿傘遮雨，這無疑讓躲在樓頂?shù)木褤羰譄o法射擊，此次計(jì)劃也只好暫時(shí)取消。之后，柯南讓阿笠博士和灰原先離開并讓他們保護(hù)好小蘭和小五郎，他和茱蒂坐上了詹姆斯的車?yán)^續(xù)進(jìn)行追蹤，并得知今恩他們將在VaneB進(jìn)行暗殺，柯南推斷Vane B就是鳥矢大橋。

放學(xué)后，小蘭在鞋柜里發(fā)現(xiàn)了一封情書，正當(dāng)她為此而煩惱時(shí)，遇到了曾在帝丹高中上學(xué)的學(xué)姐，她說家里遭到了不明人士的入侵，可奇怪的是小偷不僅沒偷錢，反而還給她死去的丈夫上了一炷香，并且自己的日記也有被人查看過的跡象，期間學(xué)姐還談起了高中時(shí)期被自己拒絕過的男生，看過照片后，小蘭說她今天見過這個(gè)男生，之后，園子將整個(gè)事件的來龍去脈推理出來，這時(shí)，學(xué)姐說她還有一件事瞞著大家……

因接到電視臺(tái)的邀請(qǐng)，小五郎便帶著柯南和小蘭飛到?jīng)_繩，參加一個(gè)與職棒選手能勢(shì)和主持人本山對(duì)談的節(jié)目錄制。在機(jī)場(chǎng)與本山會(huì)合之后，一行人打算去能勢(shì)下榻的酒店接他，沒想到卻在半路發(fā)現(xiàn)了能勢(shì)的尸體，期間，本山的一句話讓柯南認(rèn)定他就是兇手，可能勢(shì)死亡的時(shí)候，他正在飛機(jī)上，因此有充分的不在場(chǎng)證明，那么，他到底是如何往返于兩個(gè)地方犯案的？