石敢當和朱家兄妹被小相國寺的住持給收留了下來。朱玉蓮上街回到山上，告訴哥哥和石敢當，現在大降大雨，外面街道上還出現了一條龍，街道上面都被淹沒了。石敢當覺得自己必須出手，想辦法救開封府的百姓。朱半斤卻覺得自己還是少管閑事的好，就算石敢當有一點功力，也不是一條龍的對手。土地老兒忽然出現，說出了石敢當的身份，并且哀求石敢當出去救救開封府的百姓。土地還說土行孫表示只要石敢當在開封府中，肯定沒有問題，而且這個劫難也只有石敢當才能夠化解。幾個人正在說話，忽然天上有龍神出現，正是當初的敖申，敖申管皇帝要九百九十名陽男，九百九十九名姹女，九百九十九名童男，九百九十九名童女，總共是三千九百九十六之數，要皇帝必須在十天里面交出來，否則自己就淹沒整個開封府，殺死所有人。石敢當半夜里睡不著覺，認為自己必須出手對付這些惡人，幫助皇帝，哪怕皇帝當初迫害過自己，自己也必須挺身而出。朱半斤雖然極力反對，但是朱玉蓮卻贊成石敢當的作為?；实壅诎萆袂蠓?，此時太上老君忽然出現，告訴皇帝只有泰山石圣石敢當才能夠挽救這場災難，他現在就在開封府中?；实坶_始在城中尋找石敢當的下落。石敢當來到了皇宮里面，得知皇帝之前和妖怪并沒有恩怨

眾神被奎剛關入冥界地府，楊戩等人在一起探討玉帝留下的那句話的實意。楊戩參透出其中真意為奎剛占領天界的時間是三十三年，玉帝并沒有死而是投胎到凡間一戶人家中，定數到時玉帝自會回來掌管天庭，唯一能解此劫難的人是石敢當。楊戩解出玉帝偈語后元神突然恢復，眾神提議讓楊戩趕緊用傳音入密之法聯系石敢當。楊戩通過傳音入密之法告訴石敢當，現在天界有難眾神被困在了地府。石敢當聽到楊戩的話后被驚醒，他趕緊叫醒朱半斤一同前往楊戩所在的灌口一探究竟。石敢當與朱半斤來到灌口，他們發現楊戩的手下都慘遭毒手倒在地上，石敢當這才意識到大事不妙。石敢當進入屋中察看，朱半斤則在外面等他，石敢當遇到奄奄一息的郭伸并扶他出門，結果門外卻沒了朱半斤的身影，石敢當懷疑朱半斤也被妖怪擄走了。郭伸與死去的直健突然散發出濃濃黑霧攻擊石敢當，原來他們都是奎剛手下的女妖怪變成的，石敢當一早便察覺出其中有詐，所以并未上當，反而是女妖怪們被他重傷。石敢當獨自一人來到天庭，他看到凌霄寶殿像是休戰后的戰場，蟠桃園的土地公來到凌霄寶殿告訴石敢當，眾神已被一群妖怪擄走，帶去了冥界。石敢當急急忙忙地趕到地府，楊戩試圖用傳音入密之法與他對話，卻被奎剛限制住。

彭離將朱半斤送到石敢當所在的弱水河畔，彭離讓朱半斤動作快一些，他可以在河畔等他們到申時并帶他們重返人間，否則申時一過，奎剛的手下就會派人來抓他。朱半斤謝過彭離，隨后朱半斤拿出來自己剛剛打死一只妖怪得到的寶物向彭離詢問這寶物有何功用，彭離告訴他這寶物可以用來隱身。朱半斤拿著寶物前往石敢當被困之地，他利用寶物將自己隱身，接著拿釘耙將其中一名看守石敢當的妖怪打死。朱半斤換上妖怪的衣服假裝守在丹爐旁，這時另外幾名妖怪過來，支撐不住的石敢當將體內的六顆金丹全部吐了出來，犀牛怪撿起金丹趕緊拿黑蓮向奎剛報告。朱半斤趁亂將石敢當從煉丹爐里放了出來，兩人齊力把妖怪們打死，石敢當再次吞下六顆金丹后，彭離載著兩人回到蓬萊。朱半斤走之前曾向楊戩保證，自己只花兩天時間便可以將石敢當救出，如果超過兩天，他很可能就喪命于黑暗之淵了，兩天時間一到楊戩便焦急地眺望，期待能看到他們回來的身影。奎剛收到消息稱石敢當體內的六顆金丹全被提煉完畢，他立刻帶著手下前往黑暗之淵，可他并沒有看到任何金丹的影子，黑暗之淵滿地狼藉，像是剛剛經歷過一場打斗，奎剛意識到石敢當逃走了，他召集手下追趕石敢當。朱半斤與石敢當成功回到蓬萊與他們碰面，

石敢當一行人還剩下最后一個大風陣要闖，大風陣中有一個上古妖怪名為風后，無論是誰只要與風后的眼睛對視上，都會瞬間變成石像，最終石像會化成地上一灘散沙。怕同伴受到傷害，石敢當讓朱半斤等人靠著石壁站好，如果感覺到有風吹過就立即閉眼，石敢當則一人拿起兵器對戰風后。風后妖力高強，石敢當又不能與它對視，要解決風后很是困難。玉蓮看到蜃來到了大風陣，蜃化成風后的樣子打算去擾亂石敢當的戰斗，玉蓮便偷偷地跟在蜃的身后。石敢當無法確定風后的具體位置，這讓他在戰斗中很是吃力，突然他不小心與風后對上眼，玉蓮趕緊跑過來擋在他的身前與風后對視，玉蓮瞬間被石化成雕像，臨死前玉蓮告訴石敢當，蜃化成風后的樣子在干擾他。心愛之人就這樣死在自己面前，悲痛欲絕的石敢當愣在原地。蜃與風后不小心對視，敖申提醒石敢當進入戰斗，石敢當趁此機會將風后解決。石敢當等人離開了迷陣，玉蓮卻永遠地留在了此地，臨走前石敢當為玉蓮在此地立下墓碑。天庭玉帝得知石敢當等人的英勇行為后，邀請他們來天庭加封為神。大護法趕到迷陣時發現此地只剩下蜃化成的一小灘沙，他將沙子收起來帶回去請求奎剛救回蜃。石敢當、朱半斤與敖申受邀趕往天庭，他們先在接引天尊安排的一處住

聽到都禮所說的秦廣大王的罪行后，石敢當決定親自去質問秦廣大王身為神仙，為何要危害百姓。石敢當化成都禮的樣子去一間廟中找秦廣大王，一進來秦廣大王便問他是否拿到了祭品，沒想到秦廣大王竟然真的指使屬下去做迫害百姓之事，石敢當現出原形要打他，秦廣大王趕緊攔住石敢當，并將自己不得不這樣做的緣由告訴他。冥界被妖魔占領，神仙們都被奎剛擄走，只有他逃出了冥界來到人間。奎剛把冥界里的厲鬼都放了出來禍害人間，沒了地府供給的營養，厲鬼們甚至闖入百姓家中吃人，秦廣大王表示自己費了很大的力氣才把厲鬼們聚集在一起，從地府被逼來陽界的他沒辦法只好想出讓都禮去找血食祭品給厲鬼們供給營養的方法。結合秦廣大王的話，石敢當突然想起來黑蓮圣使曽說過玉帝駕崩，天庭由奎剛掌管的話。石敢當意識到天界可能真由奎剛霸占了，他所看到的一派祥和的天庭應該是奎剛制作出來的幻境。晚上石敢當身上的金丹顯了光，太上老君就在金丹里，他告誡石敢當相信自己所看到的。石敢當與朱半斤來到雙塔縣城，他們進入城中，卻發現城里一個人都沒有。二人進入雙塔寺，寺中全是和尚們的尸體，突然畫面一轉他們來到了天庭，師父楊戩問他們為何不繼續尋找凡間奎剛的法身，反而回到了天庭