元太在奧米花的路口邊找東西時，突然被身后狂奔而來的紅衣男子撞倒，元太追逐紅衣男子未果，便叫來少年偵探團(tuán)一起幫他尋找紅衣男子的下落。正當(dāng)幾人爭論不休時，柯南等人被警察叫住詢問，這才得知該紅衣男子竟是一名搶劫犯，于是少年偵探團(tuán)便決定幫助警察抓到紅衣男子。與此同時，另一名紅衣男子來到警察局，告訴警察他失憶了，卻被警察以嫌疑人的身份進(jìn)行追捕。這名紅衣男子究竟是不是搶劫犯？感覺此事另有蹊蹺的柯南展開了調(diào)查。

為了和靈魂偵探堀田凱人進(jìn)行對談，柯南跟著毛利小五郎來到了酒店，但到時發(fā)現(xiàn)堀田已被殺害，其隔壁房間的客人竟然是世良。柯南和世良在案發(fā)現(xiàn)場進(jìn)行了一番調(diào)查，罪犯的手法與關(guān)鍵性的證據(jù)全被找了出來，就在柯南準(zhǔn)備和往常一樣進(jìn)行推理時卻發(fā)現(xiàn)自己的變聲器不見了，而這時竟有人很自然的用他遺失的變聲器開始模仿小五郎的聲音進(jìn)行推理。

小蘭和園子聊著幼稚園時的往事，新一當(dāng)時所做出的櫻花名牌推理，正是他的第一次推理，而在小蘭不知道的情況下新一一直在背后默默地守護(hù)著她。櫻花班班主任江舟論介看小蘭的眼神讓新一非常在意，他認(rèn)為這個老師是故意想要和小蘭親近，他所作出的解釋看似合理，但新一依舊無法放松警惕，新一的父親工藤優(yōu)作得知后也展開了調(diào)查。

目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨自上路尋找柯南。另一方面伊勢原在柯南的幫助下成功脫險，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點時，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點……

少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營，在山中小屋他們遇到了正在爭吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭吵的焦點。爭吵過后岳美負(fù)氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。