小五郎的朋友向日葵酒吧的老板井上弘子意外被人殺害，當(dāng)他和柯南趕到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)時(shí)，弘子的男朋友高岡明已守在尸體旁邊，目暮警官等也展開(kāi)了調(diào)查，據(jù)周圍人所說(shuō)，在案發(fā)期間并沒(méi)有人出入死者所在的公寓，并且嫌疑人高岡明當(dāng)時(shí)也有充分的不在場(chǎng)證明，就在警方斷定這是起入室搶劫殺人事件時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵線索，他重新推斷死亡時(shí)間，并斷言這里并非案發(fā)的第一現(xiàn)場(chǎng)。

小林老師在圖書(shū)館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書(shū)館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢包后離開(kāi)。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開(kāi)了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！

FBI的所有警員立刻將送至各個(gè)病房的炸彈進(jìn)行回收，就在這時(shí)，水無(wú)憐奈出現(xiàn)在電視上，為一探究竟，所有搜查員都聚集到水無(wú)憐奈的病房，卻發(fā)現(xiàn)她好好的躺在那里，而這其實(shí)才是黑暗組織的目的，他們?cè)谡◤椛线€安裝了發(fā)訊器，這樣一來(lái)水無(wú)憐奈的位置一目了然。既然已經(jīng)暴露，那就只能立刻將她轉(zhuǎn)移，為混淆視聽(tīng)，F(xiàn)BI派出了三輛車，但即便如此今恩還是做出了判斷。

柯南他們很快就找到了被害者們常去的麻將館，并從老板那里得知，曾有一個(gè)叫鬼保獨(dú)郎的人與平棟堂次發(fā)生過(guò)沖突，抓到嫌疑犯后，高木警官便前去找曾聽(tīng)到兇手聲音的鍋井永貴做指認(rèn)，沒(méi)想剛進(jìn)門就被人打昏。另一邊，柯南因?yàn)椴矫酪痪渫嫘υ挘蝗幌胪薢的含義并說(shuō)兇案早在十五年前就結(jié)束了，此次兇案的發(fā)生不過(guò)是模仿犯所為而兇手就在被害者的家屬之中。

少年偵探團(tuán)、灰原與柯南等人發(fā)現(xiàn)小說(shuō)家萬(wàn)田年久的弟子原本高平在家中遇害。目暮調(diào)查了死亡推定時(shí)間內(nèi)的不在場(chǎng)證明。萬(wàn)田說(shuō)他從昨晚起一直把自己關(guān)在旅館的房間內(nèi)、案發(fā)時(shí)也沒(méi)出過(guò)房間。高木發(fā)現(xiàn)旅館和原本家確實(shí)很近。可是，島木說(shuō)自己確實(shí)在旅館的候梯廳等萬(wàn)田，而萬(wàn)田的貓最終暴露了他犯罪的事實(shí)。而最終萬(wàn)田也承認(rèn)了自己的罪行。