柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來(lái)自博士初戀情人的信，信上除了說(shuō)每十年在回憶的地點(diǎn)見(jiàn)面之外，還留下了一串像是暗示地點(diǎn)的數(shù)字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經(jīng)過(guò)推理，他們一行人來(lái)到動(dòng)物園，將信上的數(shù)字與動(dòng)物入園的順序相結(jié)合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會(huì)是阿笠博士的初戀嗎？

巡回劇團(tuán)伊東玉之助一座再度來(lái)到米花鎮(zhèn)，這次演出的戲碼是《竹取物語(yǔ)》，然而飾演主角輝夜姬的片岡蓮華卻在公演當(dāng)天被人綁架，警察也展開(kāi)了緊密的搜查，柯南從歹徒傳來(lái)的影像中發(fā)現(xiàn)，這一切全都是蓮華一手導(dǎo)演，可是待柯南等人趕到囚禁室時(shí)卻沒(méi)有找到蓮華，反而看到斑斑血跡，看來(lái)在這之后她真的被人綁架了，與此同時(shí)，舞臺(tái)上的大幕也拉開(kāi)了。

柯南和小蘭在公園遇到了帶狗玩耍的八木沢夫婦和堤夫婦，兩只小狗武藏和克爾更是贏得他們的喜愛(ài)，然而，沒(méi)過(guò)幾日，就發(fā)生了一起惡狗傷人事件，攻擊者正是武藏，它咬傷了隔壁中谷太太的婆婆，導(dǎo)致其失血過(guò)多而死，雖然小五郎和柯南等人認(rèn)為是中谷太太命令武藏進(jìn)行襲擊，可卻沒(méi)有確鑿的證據(jù)，直到克爾在案發(fā)的院子里找到……

當(dāng)小五郎準(zhǔn)備再度去詢問(wèn)南里薰，卻在門外聽(tīng)到她的慘叫，還不等小五郎沖進(jìn)去，就從屋子里匆忙跑出了一個(gè)男子，幸運(yùn)的是南里薰并沒(méi)有被殺害，醒來(lái)之后，南里薰說(shuō)起了自己突然消失的男朋友安西，從小五郎的照片上可以看出，這個(gè)人也曾出現(xiàn)在米花飯店，這些原本不相識(shí)的人，因?yàn)檫@件古怪的命案被聯(lián)系了起來(lái)，柯南將安西、南里薰和美奈子一起找來(lái)，這兩起經(jīng)過(guò)完美設(shè)計(jì)的命案，即將真相大白！

服部平次和遠(yuǎn)山和葉特地趕到東京，邀約柯南和小蘭一起去大阪看甲子園球賽和寶塚歌舞，不巧的是這兩個(gè)節(jié)目居然在同一天舉行，為了決定看什么，服部和和葉爭(zhēng)論不休，這時(shí)小五郎提議進(jìn)行一場(chǎng)推理賽來(lái)決定去哪里，他將警方委托他調(diào)查一起殺人事件交給了平次和和葉。這起案件的死者是玩具公司的社長(zhǎng)，在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)服部準(zhǔn)確的說(shuō)出了死亡方式以及兇器，并且還發(fā)現(xiàn)了死者用積木留下的死亡訊息，和葉心有不甘也認(rèn)真投入到暗號(hào)的破解之中，這兩個(gè)人到底誰(shuí)更勝一籌呢？