晚到的杰拉爾·天馬被劍殺死，和天馬有過(guò)爭(zhēng)吵的加那善成為了頭號(hào)嫌疑人。柯南則在勘察現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)窗臺(tái)上不自然的痕跡，而鋼琴上奇怪的東西也吸引了柯南的注意，最終柯南揭穿了像謎一樣的人物的真面目同時(shí)也解開(kāi)了殺害天馬的兇手所用的犯罪手法。在鐵證面前兇手最終承認(rèn)了自己的罪行并說(shuō)出了殺人動(dòng)機(jī)。

柯南等人循著灰原留下的記號(hào)一路尋找，因?yàn)閮词志驮谕械娜C人之中，灰原和光彥就在大樹(shù)下面留下一些散落的蘑菇作為暗號(hào)，躲在叢林里期望柯南能有所行動(dòng)制服兇手。柯南果然不負(fù)眾望，破解了灰原留下的暗號(hào)，正準(zhǔn)備麻醉兇手時(shí)，卻又有所猶豫，并大聲喊出了灰原和光彥，柯南到底有何用意？

柯南，小蘭與小五郎去花亂亭餐廳用餐。鄰近餐廳的大廈正好在進(jìn)行拆卸，所以感覺(jué)的到震動(dòng)。然而，店主花岡與妻子禮子之間不對(duì)勁的氣氛。柯南他們又看見(jiàn)花岡為炊事與和田在爭(zhēng)論。當(dāng)晚，喜歡釣魚的花岡在制作釣魚工具的時(shí)候死亡。經(jīng)過(guò)調(diào)查柯南推理出了兇手的真實(shí)身份。同時(shí)告訴罪犯花岡其實(shí)從來(lái)沒(méi)有忘記過(guò)愛(ài)這樣一個(gè)殘忍的事實(shí)。

柯南將小五郎麻醉并召集島上的所有人，準(zhǔn)備將真相公之于眾，但遲遲未見(jiàn)和葉和服部的身影，在警察的催促中，柯南只好開(kāi)始對(duì)整個(gè)案件進(jìn)行推理，雖然門脅和祿郎最有可能犯案但柯南卻首先排除了他們二人的嫌疑，而當(dāng)他指出真兇時(shí)，在座之人無(wú)一不感到震驚，這時(shí)，自救成功的服部及時(shí)趕到推理現(xiàn)場(chǎng)，更是說(shuō)出了一個(gè)讓兇手都意外的事實(shí)。

某日，一個(gè)叫上田丈二的醫(yī)師找到小五郎，拜托他調(diào)查自己的朋友吉村遭到不明人士恐嚇的事情，當(dāng)他們來(lái)到吉村所在的公寓剛準(zhǔn)備上樓時(shí)，突然聽(tīng)到有東西墜落的聲音，柯南急忙跑去，卻發(fā)現(xiàn)吉村的尸體，目暮警官趕來(lái)之后，對(duì)吉村的公寓進(jìn)行了仔細(xì)的調(diào)查，而柯南卻將注意轉(zhuǎn)移到了住在六樓的上田身上。