當(dāng)阿笠博士滿懷期待得走向那位女性時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)這個(gè)人竟然是男扮女裝而且還是自己的舊識(shí)，再次認(rèn)錯(cuò)人不禁讓這群孩子們大失所望，于是大家決定利用動(dòng)物園的廣播站尋人，可依舊沒(méi)有回應(yīng)，難道博士又要與自己的初戀情人擦肩而過(guò)？這時(shí)，博士的回憶隱約浮現(xiàn)，柯南根據(jù)博士的說(shuō)辭，破解暗號(hào)，來(lái)到了相約之地……

13年前，發(fā)生過(guò)的國(guó)友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認(rèn)為有恐高癥的波花不會(huì)接近關(guān)口被殺的3層的陽(yáng)臺(tái)，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測(cè)出來(lái)的未知的指紋更使兇手的身份疑團(tuán)加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。

搞笑藝人廣松晨跑的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了一具尸體，驚慌失措的他便匆忙報(bào)警，不想他這個(gè)第一發(fā)現(xiàn)者卻成了最大的嫌疑犯，因?yàn)槭w擺出的剪刀手正好與廣松的藝名一樣，高木警官了解案情之后，認(rèn)為自己的朋友絕對(duì)不會(huì)殺人。另一方面，柯南從死者的朋友那里得知了一些關(guān)鍵信息，于是在他的引導(dǎo)下，一心想要幫朋友洗清冤屈的高木警官推理出了這個(gè)讓人心酸的真相。

在趕來(lái)支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨(dú)自駕駛摩托的水無(wú)包圍，然而，馬路上卻出現(xiàn)了一個(gè)撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無(wú)出車禍?zhǔn)軅Ａ硪贿叄穸髟谒疅o(wú)換下的衣物里發(fā)現(xiàn)了粘在鞋底的發(fā)信器和竊聽(tīng)器，便臨時(shí)決定變更目標(biāo)向米花鎮(zhèn)駛?cè)ィ履喜煊X(jué)到他們的行動(dòng)，意識(shí)到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮(zhèn)，而此時(shí)黑衣組織已經(jīng)瞄準(zhǔn)了小五郎……

正影的三弟子之一姬宮遇害后，警方匆忙趕來(lái)調(diào)查并對(duì)屋內(nèi)所有人一一進(jìn)行偵訊，正影的妻子滿里太太說(shuō)，被翻亂的資料室內(nèi)有記載正影自創(chuàng)魔術(shù)的筆記本，而且在五年前曾有一個(gè)戴著帽子和墨鏡的男人找過(guò)正影，于是，大家正影的房間希望能從他的相冊(cè)中找到這個(gè)可疑男人，柯南和服部也在這里有了新發(fā)現(xiàn)，就在這時(shí)，和葉和小蘭回想起了看到尸體時(shí)的怪異場(chǎng)景。