在東京的松陰神社，少年偵探團及時救下了被男子襲擊的小早川公子小姐，為了尋找她爺爺藏起來的足以買下國家價值連城的寶藏，大伙一起前往她的老家津和野在中途的新山口車站，遇到了自稱是公子小姐的朋友川子茂先生，但柯南和灰原注意到這并非他的真名，到達之后，他們又發(fā)現(xiàn)了新的暗號，順著線索來到了萩市，沒想到襲擊公子小姐的人那些人將灰原、光彥和公子小姐帶走。

服部、和葉來到東京與柯南他們賞櫻的時候，一名來自升岳寺的小和尚突然找到小五郎拜托他調(diào)查一件古怪的事情，他說幾天前寺里來的一個女施主腹部刺傷血流遍地的倒在別館里，但當(dāng)他叫師父和警察來時，屋內(nèi)卻空空如也。于是，柯南，服部等人一同前往調(diào)查，除了在屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)耳環(huán)固定夾再沒有別的線索，就在他們離開之前小和尚傳久說屋里又有女尸，待柯南趕到時，卻什么也沒有，難道這都是傳久的幻覺？

警方將這三人都帶到了地下停車場，他們分別是兒島、稻垣和玄田，根據(jù)受害者指著元太說“L”的信息，步美和光彥就認為歹徒是與元太名字相近的家伙，便分別對他們提出質(zhì)疑，但都被柯南否定。與此同時，柯南也已經(jīng)知道了歹徒的身份，他躲在阿笠博士身后，用變聲領(lǐng)結(jié)說出了真相！

著名畫家及川武賴四部曲作品當(dāng)中的最后一幅《青嵐》被怪盜基德盯上，柯南、小五郎也因此被請到了及川府，然而那幅畫竟然在設(shè)有監(jiān)視器的畫室里瞬間消失不見，與此同時，及川的岳父風(fēng)景畫大師神原也被發(fā)現(xiàn)死在這個房間內(nèi)，難道兇手是從不殺人的基德？之后及川在柯南的后衣口袋中發(fā)現(xiàn)了基德留下的卡片，但柯南一眼就看穿了他的把戲，并推斷出基德就在四名警察之中。

少年偵探團聽同學(xué)說她們家的房客中有一個十分刻板且循規(guī)蹈矩的男人，尤其是遇上亂扔垃圾的人就會對他們訓(xùn)斥一番，出于好奇，柯南他們便前去見這個叫巖田的先生。沒想到三天之后，巖田居然去警局自首說自己失手殺人，雖然是正當(dāng)防衛(wèi)不予追究，但警察還是對巖田的生活以及他的朋友等人進行了調(diào)查，卻發(fā)現(xiàn)事情并不像他描述的那么簡單。