柯南一直到吃晚飯的時候都還不見蹤影，博士去找他時也被不明人士打昏。深夜，不放心博士和柯南的灰原等人決定在古堡進行搜索，然而他們卻沒有發現兇手正悄悄跟在他們后面，大家跟著灰原來到柯南消失的密室，并發現了血跡和石頭上的留言，古堡越來越詭異，之后，光彥和元太也不知了去向，步美和灰原進一步深入古堡，就在她們也發現那具骷髏時，兇手出現。

學校里最近發生了很多詭異的事情，而且教導主任在沒請假的情況下也消失了好幾天，當柯南向老師和校長問及此事時，大家也都避而不語，為調查真相少年偵探團夜探帝丹小學，附有學生名字的娃娃，移動的人體模型，窗戶后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級里突然出現的十幾個黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個。

九十九七惠通過妃英理的介紹來到毛利偵探事務所，她拜托小五郎幫她重新調查丈夫著名魔術師九十九元康的死因，一行人來到九十九家中，見到了元康的三個學生真田一三 、三好麻子和白地裕士，簡單的照面之后，他們來到元康的死亡現場——地下室，柯南仔細進行現場勘查，發現了電話上一串奇怪的數字，期間，小蘭對柯南起了疑心，而暗中觀察他，但柯南毫無意識。

小五郎和朋友分開，一個人醉醺醺的在街上游蕩時，碰到了有過幾面之緣的佐知子，她邀請小五郎和她一起兜風，之后，小五郎在送佐知子回到家時，發現她的室友和美被殺，最有可能的人就是佐知子，但是她當時和小五郎在一起，有充分的不在場證明，那么到底是時間的錯亂？還是兇手另有其人？

某天，柯南發現有人正在搶劫運鈔車，雖然奮力追趕，但還是讓搶匪驅車逃跑，之后，警方發現搶匪的車并認定這是一起單純地搶劫事件。可事情并未就此結束，參與搶劫的兩名搶匪被殺，并在兇案現場發現了銀行職員廣田亞美的口紅，雖然亞美嫌疑最大但案件還有許多疑點，這時，柯南意識到她有危險，用發信器追蹤到達后亞美已死，而這件事的幕后黑手居然是……