園子的大伯次郎吉因?yàn)楣直I基德曾經(jīng)搶了他大出風(fēng)頭的機(jī)會(huì)，而一直耿耿于懷，便不惜人力物力發(fā)誓抓住基德，他以“藍(lán)色奇跡”為誘餌高調(diào)的在報(bào)紙上向基德下戰(zhàn)書(shū)，不想基德居然回應(yīng)了他的挑戰(zhàn)，并說(shuō)自己會(huì)走著去盜取“藍(lán)色奇跡”，在正式盜取之前，基德先前往博物館查看地形，面對(duì)層層包圍的警察和直升機(jī)，他就這樣突然懸浮在空中出現(xiàn)在眾人面前，不但如此，他還在沒(méi)有任何設(shè)備的狀況下，泰然自若的在空中漫步。

元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見(jiàn)犯人要乘坐輕型卡車逃走，便潛入卡車跟蹤并聽(tīng)見(jiàn)挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車的所有方的倉(cāng)田運(yùn)輸，開(kāi)始調(diào)查。在調(diào)查之后眾人并沒(méi)有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到藏尸的地方而正在這時(shí)兇手出現(xiàn)，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。

在從伊豆回來(lái)的路上，因?yàn)樾∥謇傻能囎映隽斯收希履系热私枳URON健康器具公司的山莊。而此時(shí)，山莊里的3人正在新制品藥物社內(nèi)研究的關(guān)鍵時(shí)刻。第三開(kāi)發(fā)部部長(zhǎng)平松正樹(shù)的制品馬上就要被采用了，然而社長(zhǎng)梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車禍身亡。看似事故的現(xiàn)場(chǎng)柯南卻有著不一樣的看法。

這件兇案的最大疑點(diǎn)就是，兇手從這個(gè)亂七八糟的黑暗房間逃跑的時(shí)候，居然沒(méi)有發(fā)出任何聲響，而且門鎖也沒(méi)有被破壞的痕跡，由此看來(lái)，睡在死者身邊的穗島嫌疑最大，可穗島卻說(shuō)唐田和根上也都有這間屋子的鑰匙，于是，警方找來(lái)這二人進(jìn)行偵訊，得知案發(fā)時(shí)兩人都沒(méi)有不在場(chǎng)證明，既然如此，嫌疑犯就有三人，這時(shí)，警方發(fā)現(xiàn)死者身上少了一顆紐扣以及地上的攝影機(jī)，查看過(guò)影像大家仍未發(fā)現(xiàn)有何異常，而那顆不翼而飛的紐扣就成了破案的關(guān)鍵。

在園子的邀請(qǐng)下，小蘭和少年偵探隊(duì)來(lái)到奧谷湖舉辦的釣魚(yú)大賽，還在這里認(rèn)識(shí)了有奪冠資格的鲇川沙織、鱒渕拓也以及擔(dān)任自由作家的船木敏彥一行人，在第一天比賽結(jié)束后的夜晚，鱒渕和船木似乎為了什么事情在澡堂發(fā)生了爭(zhēng)吵，沒(méi)想到第二天上午，就在園子等人釣魚(yú)的附近，發(fā)現(xiàn)了船木的尸體，警方立刻介入調(diào)查，水井說(shuō)半年前也曾有人死在那里，柯南認(rèn)為這絕不是巧合，而兇手恐怕就是鲇川和鱒渕其中之一。