柯南在從大阪回來的新干線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉。途中車內(nèi)發(fā)現(xiàn)可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時留下高木警官的時候，犯人小倉要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調(diào)查的過程中佐藤發(fā)現(xiàn)小倉血跡的疑點，并推斷出這是他殺時間而非自殺。

小五郎因為中了彩票帶著小蘭和柯南一起享受可以在南紀(jì)白濱住上一晚的旅行，并在那里結(jié)識了寫生旅行的醫(yī)科大學(xué)學(xué)生新莊真紀(jì)，由良達彥，宮原加奈子，藤浩太，三井元，五人之間似乎有著復(fù)雜的關(guān)系。第二天毛利他們偶然遇見了藤浩。正巧慌張的三井給藤浩的手機打來了電話說三段壁的樹林里發(fā)現(xiàn)真紀(jì)胸口中刀被殺。而柯南發(fā)現(xiàn)散落在現(xiàn)場鑰匙的疑點。

柯南和小蘭被小五郎帶到OK牧場在途中迷路，巧遇恰好路過的牧場工作人員后一行人終于到達牧場。。小五郎因為要看馬術(shù)，到了馬場便參觀了起來。但是馬場的裝蹄師杉山突然死亡！雖然看起來是被事故但在柯南的調(diào)查下發(fā)現(xiàn)這其實是一起有預(yù)謀的謀殺案！雖然大楠給馬喂了巧克力使馬異常興奮，但真正殺死杉山的另有其人。

返回旅店后，小五郎立馬給警方打電話，可是雪崩將隧道掩埋，警方無法及時趕來，因此旅店里的所有人都參與到了推理當(dāng)中，店里有旅客說自己曾在樹林里看到了一個頭戴針織帽的可疑男子，之后，實果從二垣的相機中洗出了一張帶有黑影的照片，大家又一起觀看了二垣死亡前一天所拍的視頻，卻并未發(fā)現(xiàn)任何古怪，這時，柯南注意到了旅店里的小狗三郎并從它的身上發(fā)現(xiàn)了線索。

少年偵探團在超市里玩從收銀條上的物品名稱猜晚飯的菜名的游戲。其中發(fā)現(xiàn)了可疑的收銀條，柯南她們開始尋找買這些東西的人，想要阻止他。通過分頭尋找自行車燈少年偵探團的成員們最終找到了犯人，但中途卻失去了犯人的行蹤。在元太無意的提醒下，柯南他們抓到犯人現(xiàn)行。最終柯南用腳力增強鞋制服了犯人。