小蘭的母親妃英理在自己的事務所突然被人綁架，但她趁綁匪不注意躲進了廢棄的大樓內，并用搶來的手機向小蘭求救，雖然遭到了綁匪的干擾但柯南還是分辨出來了妃英理所發的信息內容，從中獲得了一些線索后柯南帶領小蘭和小五郎立刻展開救援，但被綁架的地點可能有兩處，柯南能在危急時刻找到正確的位置嗎？

通過與世良的接觸，柯南回憶起與世良初次相遇的情形。十年前，秀一從美國回到日本，與家人一起在海灘游玩，恰好偶遇了年幼的新一和小蘭。沉迷偵探游戲的新一引起了秀一的興趣，正當二人交談甚歡時，突然有一輛車從沿海公路上沖破護欄墜入深海。秀一馬上潛入海中實施救援，卻發現駕駛員已當場死亡。根據秀一的推斷，案發前車上應該還有死者的同伴，而死者的身份也是疑點重重……

柯南醒來后發現自己身在一個狹小黑暗的空間里，眼睛漸漸習慣后他才發現自己被困在了棺材里，能聽到風聲這一點證明他還沒被埋起來，暈倒前的一幕幕也漸漸想了起來。毛利小五郎最近接到了一起案子，律師事務所保險柜被撬，存放在里面的遺囑不見了，這是過世的塘橋集團會長的遺囑，這件事與柯南的遭遇是否有聯系呢？

平次與和葉邀請小蘭和柯南一起去看彩燈，在等小蘭與和葉準備晚飯的期間，平次和柯南去樓下的白羅咖啡館打發時間，不料卻恰好遇到了一起殺人未遂的案件。受害者雖沒有生命危險，但血跡卻濺到了柯南和平次的臉上，二人本以為可以通過血跡找到真兇，萬萬沒想到店內的幾個客人身上均未發現血跡。正當案件調查一籌莫展時，店內一名自稱和田進一的男子突然念起一首和歌，平次和柯南馬上明白了此人的用意，并合力找出了真兇。

根據圖畫書中的線索，柯南等人得知還有其他炸彈存在。目暮警官馬上出動全體警力前去搜查，不料卻發現其余的炸彈都只是爆炸犯捉弄警方的惡作劇，而真正的炸彈早已按照計劃在指定地點爆炸。正當調查一籌莫展時，目暮警官突然接到匿名電話報警，稱自己發現了爆炸犯的藏身之處。而正當眾人趕往此地時，據稱是犯人居住的地方卻再一次發生了爆炸……