來到熊本阿蘇火山旅行的柯南等人不幸卷入了事件，盜取熊紋食品機密資料的犯罪嫌疑人試圖取回贖金時被步美打斷，藏有機密隨身碟的熊本熊玩偶陰差陽錯到了小男孩賈斯丁手中，與賈斯丁有過一面之緣的柯南等人好不容易才找到了他的線索，但卻被犯人搶先了一步，現在丟失的不只是機密文件，連同賈斯丁也被綁架了。

毛利一家和柯南想要去的餐館正在施工，很多以前的建筑都被重建或者改造，正當毛利感嘆的時候工地里傳來了很大的聲音。建筑器材的散落發生了命案，被壓在鋼管底下的是朱古先生，而捆綁鋼材的帶子上有被割過的痕跡。最有可能作案的便是在場的三人，而這三個人都有作案動機，在檢查了命案現場后柯南有了線索。

為了某人的關系，高木警官竟然把快要掉下去的炸彈重新移到身邊，通過對高木警官影像的分析柯南鎖定了監禁的地點為北海道，寒鴉和只會在寒冷北海道北海道出現的日柱現象證明的柯南的觀點，但他們依舊無法找到監禁高木警官的高層。高木警官故意踢下去的布引起的柯南的注意，在認真查看過影像后他找到了答案。

裝滿水果的寶箱（前篇）

在小蘭的跆拳道社學姐鏡堂奈奈美的邀請下，少年偵探團的眾人來到了鏡堂家尋找傳聞中的寶藏，非常熱衷建筑的上一代家主鏡堂征太郎在這座宅邸中設下了各式各樣的機關，而沒有入口和窗戶的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美帶領他們在宅邸四處參觀時突然聽到了女性的慘叫聲，奈奈美的母親不幸從塔上墜亡，前去調查兇手的途中灰原卻不見了蹤影。