鷹取嚴(yán)男在取回寶石后將柯南扔在了馬路中間的綠化帶中，柯南受不住沖擊昏了過去，當(dāng)他醒來時鷹取早已不見蹤影。柯南隨后被送到醫(yī)院檢查，所幸身體沒有受傷。柯南想弄清案件的真相，趁病房沒人偷溜出去尋找線索。他先去尋找之前在鷹取身上發(fā)現(xiàn)的酒吧地址，在酒吧隔壁的房間里竟然發(fā)現(xiàn)了被盜珠寶店的采購員的尸體。

毛利小五郎帶柯南和小蘭來高級餐廳用餐，進(jìn)門后三人發(fā)現(xiàn)桌上擺滿了食物卻沒有客人，并在廚房發(fā)現(xiàn)了倒在地上的廚師口石先生。清醒后的口石先生告訴三人，原本有五名客人在餐廳里用餐，不料自己在做飯時遭到了歹徒的襲擊，客人們也不知去向。毛利小五郎馬上通知了目暮警官，并查清了每個客人的身份，然而卻難以判斷消失的客人們?nèi)チ撕翁帯Ｕ谶@時，擺放在餐桌上的甜點和雜物引起了柯南的注意。

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計劃在倉庫抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當(dāng)案件一籌莫展時，谷崎生前研究的老鼠機(jī)器人引起了柯南的注意。

7年前杯戶街上發(fā)生了一起搶劫殺人案，案件當(dāng)時只有一個目擊證人，那就是5歲的小女孩友里未央奈。7年后小五郎帶著蘭和柯南一起來到鳩笛莊度假，友里未央奈正是鳩笛莊女主人的女兒。來度假的客人井出正也無意間談起了7年前很熱門的特攝劇彗星假面超人比恩，這讓友里未央奈陷入了恐慌之中，因為當(dāng)年那起搶劫殺人案的犯人戴的就是假面超人比恩的面具。

外出露營的少年偵探團(tuán)為了避雨來到了一棟別墅，別墅內(nèi)的男傭人告訴大家最近房間內(nèi)有幽靈出現(xiàn)。在交談中，柯南等人得知別墅的女主人不久前剛剛?cè)ナ溃兄魅藙t認(rèn)為幽靈是女主人回到了家中。關(guān)于出現(xiàn)幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團(tuán)一同查明真相。