紀曉嵐頗為欣賞如玉的才情，于是讓如玉女巧扮男裝，跟隨自己去大內看《四庫全書》的編纂。和珅將紀曉嵐寫下的奏章呈給乾隆，乾隆大悅，讓紀曉嵐在宮中騎馬作為獎勵。和珅散布謠言說紀曉嵐當初扣下顏驥的藏書只為查反書以取說皇上，眾官皆信不已，紀曉嵐有口難辯。顏驥的學生戴沾一直潛心幫紀曉嵐著書，得知此消息，痛斥紀曉嵐道貌岸然，被官府以辱罵朝廷命官為由投進大獄。紀曉嵐見到奏章實為自己筆跡，百思不得其解。小月深夜潛入和府要盜出迷魂煙草，不料中了和珅的圈套，將假煙草拿回了紀府。紀曉嵐檢驗煙草的真偽，不料牙齒被煙草染黑。早朝時，和珅看到紀曉嵐閉口不語很是幸災樂禍，并千方百計的讓紀曉嵐在乾隆面前開口。紀曉嵐將計就計，引經據典，表示“黑齒”之舉只是為了提醒皇上理政之道。乾隆深感紀曉嵐的一番苦心，高興之余獎紀紀曉嵐煙草，紀曉嵐表示愿意用煙草換戴沾免罪。戴沾同意前往紀曉嵐家中繼續編纂《四庫全書》。和珅找到神父，表示要捐資修教堂，神父經受不住誘惑，將紀曉嵐佯裝找到迷魂煙草的真相全盤托了出。如玉與戴沾同在紀曉嵐家中。見到戴沾的正直之舉，如玉很是欽佩。

紀曉嵐在眾信徒面前一一揭露了李二設下的騙局。眾信徒醒悟，李二只得低頭認罪。紀曉嵐將當初留在海升之妻身上的四指掐痕與任五的手印做對比，兩者吻合，乾隆意識到海升被陷害。紀曉嵐讓海升與小芳做臨別遺言，兩人真情流露，隔壁的乾隆終于了解了冤情。乾隆下令嚴懲真兇，并賜海升與小芳完婚。早朝之時，乾降于閑談之中指出朝廷里存在結黨營私、欺上瞞下的現象，百官皆心虛不已，噤若寒蟬。下朝后，和珅竭力表示自己一身清白，卻偏偏遇到了正在等候自己的同黨——浙江巡撫盧焯。

小月望著一片廢墟、傷心之極。從小春口中得知紀曉嵐等已從暗道逃走，小月破涕為笑。乾隆向百官念叨缺少銀兩以備軍需，紀曉嵐帶領著工匠出現，許諾可以幫乾隆解決難題。人證、物證俱在，齊蘇圖只得低頭認罪。銀妃以死要挾乾隆放過齊家。見乾隆不為所動，銀妃自盡。和珅為了擴大自己在朝中的勢力，暗中支持村夫李二組織邪教，從而謠言惑眾，籠絡人心。一時之間，朝廷內外盡是李二的信徒。工部因大做法事導致衙門失火。和珅答應撥款給工部金尚書以重修工部衙門。御史海升之妻組氏參加了當日作法，海升將失火原因告知了紀曉嵐。和珅同黨吳省蘭將作法用書《佛法心經》奉與皇上，并夸口只要通讀此書，便可百病不侵。和珅不失時機地推薦吳省蘭任左都御史。乾隆以紀曉嵐著成《四庫全書》為由，指派他上任左都御史，并對其寄予厚望。紀曉嵐上任之時，和珅的黨羽劉構傲慢無禮地當眾打坐，向紀曉嵐挑釁。紀曉嵐覺察出邪教實力強大，決定剝繭抽絲，調查到底。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

盧焯將趕來給自己報信的馮青殺掉滅口，并命盧安追趕瑤琴。瑤琴與乾隆碰巧在同一客棧投宿，瑤琴的美艷深深打動了乾隆。盧焯讓郭天認罪，遭到郭天拒絕，盧焯慌稱瑤琴還在自己手中，并以此要挾郭天。瑤琴決意拔劍自則，乾隆趕到救出瑤琴。瑤琴表示不愿再耽誤乾隆行程，乾隆實在不舍，便繼續跟隨瑤琴。張了了慌稱上街散心，小月感蹊蹺，便尾隨至一戲園，發現張了了與一英俊小生會面，小月很是詫異，察探到小生名叫洪天鳴。瑤琴和春桃雇了一輛黑車趕路，半途被車主勒索并要被滅口，盧安半路殺出，將車主打死，再次將瑤琴劫走。