與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之五)柯南昏倒，茱蒂受傷，蓓摩特的槍口指向灰原，千鈞一發之刻，一直躲在后車廂的小蘭突然沖出來，緊緊抱著灰原，面對這種意想之外的狀況，蓓摩特想起了往事而不忍下手，趁她分神的時候，與茱蒂同屬FBI的赤井秀一出現，雖然保護了無辜的人，但蓓摩特卻以柯南為人質成功逃脫。途中柯南從昏睡中蘇醒，接下來就是柯南與蓓摩特的單獨對峙，他能否根據蓓摩特的電話找出黑暗組織的boss？

某日，童星絹川和輝來到毛利偵探事務，委托小五郎根據他媽媽寄來的明信片找出她的所在，于是，柯南一行四人跑遍熱海的旅店進行詢問，最終找到了有這張明信片的旅店，店里除了三名女店員，還有一位叫下鴨的客人，當晚，小蘭去給下鴨送鏡頭蓋時，卻發現他被人勒死在浴室中，趕到案發現場的警察從下鴨當時拍攝的照片中發現，兇手是一個胸口有痣的女人，絹川得知后很難過，因為他母親的胸口就有一顆痣。

藤枝干雄被殺，雖然家中每個人的反應有著微妙的差別，但卻都有不在場證據。在警方的調查之后，在妃英理和有希子的推理下判定為內部作案。而在有希子詢問了園丁土肥之后眾人又發現了新的疑點。在父親工藤優作的暗示基礎上，柯南了解了兇手作案的手法，而最終有希子在柯南的幫助下揭開了事件的謎底。

出席熊本網球大會的柯南他們，大會當日小蘭被誘拐。柯南回想小蘭電話中內容判斷出小蘭現在咋橫濱并在獲悉園子所拾到的手機中接收到的兩條短信的內容后，知道內容來自倉庫。在救出小蘭之后眾人發現立川的目的。頒獎典禮上立川果然當中刺殺成增先生。在來苑子的說服下，最終立川放下手中的刀，放棄了這種極端的復仇之路。

見到高城登之后大家就否定了之前的想法，因為沒有人會帶著自己的孩子進行毒品交易，那么，只有那三個沒有填寫信息表的人最有嫌疑，柯南通過包包中的手帕推斷出進行毒品交易的就是那個做棒球動作的人，于是，大家分頭尋找，與此同時，聽到他們零星對話就斷章取義的警局同事也忙著找高木的包包，面對這種突如其來的狀況，高木能夠找回戒指向佐藤求婚嗎？