小五郎帶小蘭和柯南看上山看櫻花時，因為迷路和爆胎被困在山上，這時又下起了雨，他們找到了一家寺院投宿，這里除了主持以外還有四個修行僧寬念、屯念、木念、秀念，在交談中，柯南等人模糊的知道了下雨天霧天狗殺人的傳說。第二天，寬念在修行的房間發(fā)現(xiàn)了主持被吊在房梁上的尸體，而同樣的事情曾在兩年前也發(fā)生過。

園子邀請柯南和小蘭到家中別墅度假而富澤財閥的別墅也建在旁邊。當(dāng)晚別墅突然停電而向外看時，柯南眾人正好目擊到富澤的父親被殺害的現(xiàn)場，凌子看到兇手的樣子，犯人竟然是死者的兒子熊三！在警方逮捕熊三時發(fā)現(xiàn)剛剛到達(dá)的老大和老二和熊三面貌竟然一模一樣。但在柯南的調(diào)查下最終鎖定了犯人并已園子的身份揭露了犯人的身份。

這時，二樓傳來老師們的慘叫，柯南和小蘭跑上去發(fā)現(xiàn)下田被人勒死，柯南立即開始找兇器，但并未找到，唯一能確定的是，兇手就在中村、米原和坂井之間，接下來的搜尋中，柯南在下田脖子上發(fā)現(xiàn)了頭發(fā)，兇手就是那個人！可是該通過誰之口揭穿兇手呢，園子昏睡不了解案情，正值苦惱之時，他想到以工藤的的身份讓小蘭用便攜電話說出真相，而小蘭卻在得知真相后痛哭不已。

園子和小蘭被邀請去皆川家參加情人節(jié)派對，柯南悄悄尾隨卻被發(fā)現(xiàn)。皆川的母親熱情招待各位，但皆川卻是一副不耐煩的樣子，他拒絕了青梅竹馬關(guān)谷香的巧克力，又對直道和若松冷嘲熱諷，狀態(tài)不佳的他決定外出透氣，他的心儀對象好美也一起跟去，突然一聲尖叫，皆川倒在了草坪上，到底是誰在情人節(jié)制造了慘劇？

大家一起去滑雪的時候，小五郎弄丟了別墅的鑰匙，三人正愁沒地兒住的時候，醫(yī)科大學(xué)的大山教授認(rèn)出小五郎并邀請他們?nèi)プ约旱膭e墅，并正巧碰上了大山教授學(xué)子們的聚會，期間，中原驅(qū)車下山買下酒菜，趁這個機(jī)會大家也都各自活動，可中原回來后，卻發(fā)現(xiàn)大山教授被殺，柯南在現(xiàn)場根據(jù)教授留下的線索找到兇手。