毛利小五郎收到了一本未出版的圖畫書，柯南發(fā)現(xiàn)書上的內(nèi)容與近日發(fā)生的爆炸案有關(guān)。目暮警官得知此事后，帶著圖書作者的編輯趕到了現(xiàn)場。根據(jù)編劇所言，圖書作者已因病去世，而引發(fā)爆炸案的嫌疑人正是圖書作者的哥哥。通過書上的線索，柯南和毛利小五郎找到了藏匿在公園的炸彈，并被告知還有其他炸彈存在，柯南能否化險為夷找出其余的炸彈？

利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當(dāng)此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發(fā)現(xiàn)倉庫一片狼藉，在若狹老師不經(jīng)意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設(shè)計誤導(dǎo)犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網(wǎng)打盡？

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

喜歡刁難人的管理員并沒有告訴由美等人過多的線索，柯南結(jié)合能夠得到的信息一步步推敲終于有了結(jié)果，輸入密碼后筆記本電腦只是切換到了前置鏡頭，而那封裝有結(jié)婚登記表的信封早已被管理員塞回了由美的上衣口袋里。就在眾人打算去比賽會場時秀吉打來了電話，他告訴由美可以丟掉信封，因為心事重重的他已經(jīng)輸?shù)袅吮荣悺?/p>

在被害人波土的遺物中發(fā)現(xiàn)了他親手所寫的字條，經(jīng)紀人和社長隨即回憶起了波土生前的往事，眾人這才得知經(jīng)紀人小姐原來竟是波土的前女友。而在舞臺上發(fā)現(xiàn)的繩索和折疊椅也為柯南等人提供了線索，經(jīng)過波本對繩索的一番講解和演示，眾人共同推理出了波土的死因和兇手的真實身份。