在從伊豆回來的路上，因為小五郎的車子出了故障，柯南等人借住KURON健康器具公司的山莊。而此時，山莊里的3人正在新制品藥物社內(nèi)研究的關(guān)鍵時刻。第三開發(fā)部部長平松正樹的制品馬上就要被采用了，然而社長梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車禍身亡。看似事故的現(xiàn)場柯南卻有著不一樣的看法。

柯南和阿笠博士帶著發(fā)著高燒的哀去了在東都百貨里的醫(yī)療室。在那里的地下停車場里柯南認識了四輛保時捷的主人們。四人同乘了一輛車來打高爾夫球，但是其中一個人喝得爛醉，于是其余的人就把他留下去了進了百貨商店。不久卻發(fā)現(xiàn)了醉酒男人被勒死的尸體。而柯南也因為偶遇電視采訪而陷入暴露身份的危機之中。

少年偵探隊為幫白鳥警官報仇，堅持留下來和警察一起進行破案，根據(jù)歹徒留下來的警告信，警方認為炸彈就安在紅色的電車上，可是費盡力氣找到的全都是用來混淆視聽的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區(qū)的1200萬居民都將成為人質(zhì)，柯南再次仔細琢磨這封警告信，發(fā)現(xiàn)歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經(jīng)發(fā)生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒有那么幸運了，柯南發(fā)現(xiàn)裝在炸彈上的水銀汞柱已經(jīng)啟動！

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之四)真相大白之后，兇手卻說都是蓓摩特逼他殺的人，然而不論何種理由都不能洗刷他殺人的事實，當(dāng)大家都還沉浸在推理中，工藤新一卻再次揭掉了面具，此人的真正身份竟然是服部平次！而還在碼頭對峙的茱蒂與蓓摩特也都采取了行動，原本處在上風(fēng)的茱蒂卻被身在暗處的蓓摩特的同伙射傷，局勢發(fā)生了扭轉(zhuǎn)，就在蓓摩特舉槍滅口時，柯南出現(xiàn)……

在聽取了觀野家主婦節(jié)子與她的婆婆彌生、以及事件前剛剛到訪的津曲水貴和三重仿春4人的供詞之后。柯南從女兒節(jié)人偶的排列方式上發(fā)現(xiàn)了事件的真相。在柯南的解說之下大家終于找到消失掉的卷軸。而藏起這個卷軸的正是老婆婆。她告訴眾人這幅卷軸的由來以及自己為了孩子賣掉卷軸的事情。而詛咒的卷軸的謠言也最終不攻自破了。