某天小五郎偶遇了大木田社長并把自己的名片給了他。之后的晚上大木田突發(fā)心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調(diào)查也來到大木田的家里。在調(diào)查了現(xiàn)場之后柯南發(fā)現(xiàn)了大木田大量出汗的事實(shí)，而從現(xiàn)場外面的花和點(diǎn)心處發(fā)現(xiàn)了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社長和司機(jī)之間的矛盾后推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實(shí)身份并抓獲了犯人。

茶木警官讓所有賓客互相做暗號，防止基德混入其中，這時，船內(nèi)突然暗了下來，光束中基德出現(xiàn)，鈴木夫人毫不猶豫開槍射向他，一片混亂中，鈴木夫人解釋這是她請來的真田魔術(shù)師，小蘭在紙牌魔術(shù)中抽到了基德的留言，而這時一顆顆散落的珍珠在地上爆炸，賓客們躁動不安，戴在鈴木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉著小蘭來到機(jī)房說他已知道誰是基德……

阿笠博士帶少年偵探團(tuán)來到野外，并交給他們一張地圖讓他們?nèi)ふ覍毑兀飞侠щy重重，但大家不畏艱險互相扶持，終于接近終點(diǎn)，柯南解開天之水與天之石的暗語，順利找到了藏有寶物的底下通道，這里有兩大袋珠寶，然而在途中碰到過的兩個行跡可疑的男人突然出現(xiàn)，柯南采用智斗將他們打到后，又發(fā)現(xiàn)了一個大木箱，這才是阿笠博士想讓他們找到的寶藏。

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號，按照符號的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？

當(dāng)晚發(fā)生殺人案件的書房是完全的密室，而屋外的雪地上也沒有腳印。犯人是怎樣到書房的呢？在大家都將兇嫌箭頭指向搞外遇的妻子和情夫時，柯南卻看出破綻。一樁多年前的恩怨所埋下了憤恨的殺機(jī)的事實(shí)漸漸浮出了水面。最終柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的犯罪手法并將其公之于眾，而兇手也最終承認(rèn)了因?yàn)槊妹玫娜ナ蓝饸⒛畹氖聦?shí)。