備受期待的黑色玫瑰演唱會即將開始，因為門票而卷入麻煩的園子又遇到了錯怪她的古奈遙小姐，而古奈遙被偷走的門票竟然以事發(fā)咖啡廳的名義高價拍賣。還沒有出勤的雅子自然成為了被懷疑的對象，但當(dāng)他們前去詢問時才發(fā)現(xiàn)雅子小姐已被人殺害，看似是偷竊殺人的現(xiàn)場卻讓柯南感覺到了強烈的違和感。

巧克力甜點師辻元先生在世界大賽上獲獎的巧克力讓小蘭和園子非常期待，而辻元和他的美女店鋪設(shè)計師真悠子小姐的浪漫愛情也讓很多人憧憬。鈴木財團的協(xié)助讓辻元的店鋪將在明天開業(yè)，而園子和小蘭則是這個店鋪的第一組客人，在辻元展示自己獲獎的作品時發(fā)生了意外，這并不是一起普通的事故，柯南已經(jīng)看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隱情。

為了查出監(jiān)禁高木警官的地點，警方持續(xù)搜查的時候三位關(guān)系者漸漸浮上臺面，鎖定了可能是嫌疑犯的人后警方馬上進行潛入，雖然向嫌疑人澄清了事件的真相，但早已服毒的嫌犯在沒有說出監(jiān)禁地點的情況下死亡。另一方面，好不容易掙脫了雙腳束縛的高木警官丟下了腳邊的布后卻發(fā)現(xiàn)了綁在木板下的定時炸彈。

通過新架設(shè)的偵探事務(wù)所網(wǎng)頁得到了一份乍看之下很簡單的委托，當(dāng)小五郎帶著柯南、小蘭和安室前往更改的見面場所后依然沒有見到委托人，再次回到事務(wù)所的他們又收到了委托人的訊息，佯裝離開事務(wù)所的他們發(fā)覺了其中的蹊蹺，再次回到事務(wù)所的他們準備揭穿嫌犯的手法，但在這時他們卻聽到了廁所里傳來的槍聲。

八號車廂里的殺人事件已經(jīng)偵破，而有希子與苦艾酒的對峙還沒有結(jié)束，在八號車廂制造火災(zāi)假象后等待著小哀的是波本。與苦艾酒所計劃的一樣，隨著列車的爆炸苦艾酒的任務(wù)也告一段落，正在品味勝利成果的她卻又看到了和少年偵探團一起的小哀，這一切的背后還有所隱藏，前來協(xié)助柯南的究竟是何方神圣？