柯南和小蘭受邀請一起去參加初中老師松本的婚禮，沒想到婚禮還沒有開始老師就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老師有一個習慣，就是非常喜歡喝檸檬茶，因為那是她小時候的初戀情人最常拿給她喝的飲料。而犯人正是在檸檬茶里下毒來毒害松本的。在觀看了錄像之后柯南發現了犯人的目的，最后柯南讓兇手現出原形，但是卻也道出了一段令人心酸的往事。

工藤新一與毛利蘭搭公車時，碰到色狼澤田治對小蘭毛手毛腳。小蘭馬上大喊色狼，而且還追澤田追下車。后來小蘭與新一分頭追人，好不容易才抓到澤田。正當要將澤田扭送警局時，看到一名因為呼吸器停止而病情危急的老人宮野勝代被送到醫院，而刑警佐藤美和子等人則是懷疑這可能不是意外，而正在詢問勝代的看護山下誠...

七年前載滿相當于十億日元金子的竜神號，突然出現在敷島海面。以幽靈船為噱頭的村長三上邀請小五郎來演講，而他的真正目的是拜托小五郎找到金子的所在。演講時，小五郎差點喪命講臺，兇手很有可能是島上的守衛浜田，和旅行社職員上原，兩人也似乎是舊識。當晚小五郎一路追蹤襲擊他的武士，卻被人打暈掉入了兇手的陷阱，成了殺害浜田的兇手。

米花博物館將要舉辦珠寶展，園子家的「黑暗星辰」也要參展，可在此之前，園子家收到了一封來自怪盜基德的盜取通知信，柯南解開通知信的暗號后來到杯戶市立飯店屋頂，基德在月色中憑空到來，將警方內部搞的一團糟后，順利逃跑，并留下通知信說他定會盜走「黑暗星辰」。宴會當天，園子的母親給上船的每個人都發了一顆黑珍珠，混淆視聽，可基德手法更高一籌，他偽裝成了鈴木會長登上船只。

小五郎帶小蘭和柯南看上山看櫻花時，因為迷路和爆胎被困在山上，這時又下起了雨，他們找到了一家寺院投宿，這里除了主持以外還有四個修行僧寬念、屯念、木念、秀念，在交談中，柯南等人模糊的知道了下雨天霧天狗殺人的傳說。第二天，寬念在修行的房間發現了主持被吊在房梁上的尸體，而同樣的事情曾在兩年前也發生過。