茶木警官讓所有賓客互相做暗號(hào)，防止基德混入其中，這時(shí)，船內(nèi)突然暗了下來(lái)，光束中基德出現(xiàn)，鈴木夫人毫不猶豫開(kāi)槍射向他，一片混亂中，鈴木夫人解釋這是她請(qǐng)來(lái)的真田魔術(shù)師，小蘭在紙牌魔術(shù)中抽到了基德的留言，而這時(shí)一顆顆散落的珍珠在地上爆炸，賓客們?cè)陝?dòng)不安，戴在鈴木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉著小蘭來(lái)到機(jī)房說(shuō)他已知道誰(shuí)是基德……

身體變小后柯南轉(zhuǎn)入帝丹小學(xué)，并結(jié)識(shí)了步美、光彥和元太。某日，明星洋子來(lái)到毛利偵探事務(wù)所，說(shuō)總感覺(jué)有人暗中監(jiān)視她，為了更進(jìn)一步了解真相，毛利一行人來(lái)到洋子住處，可開(kāi)門(mén)后居然有具死尸橫在門(mén)口，期間柯南發(fā)現(xiàn)了另一名演員優(yōu)子的耳環(huán)并且還注意到洋子的經(jīng)紀(jì)人山岸神態(tài)怪異，洋子、山岸、優(yōu)子到底誰(shuí)才是真正的兇手。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動(dòng)規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個(gè)包含某種病毒程序的磁盤(pán)。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話(huà)詢(xún)問(wèn)阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時(shí)柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請(qǐng)卻觀看夜景。就在這時(shí)暗夜公爵卻墜樓生亡！

簱本家族的人聚在餐廳斷定兇手就是小武 ，就在長(zhǎng)女麻理子擔(dān)心去廁所遲遲未歸的兒子一郎時(shí)，游輪突然停電，隨之而來(lái)的是一郎的慘叫，在黑暗中他被兇手刺傷了腿，小五郎在電源室發(fā)現(xiàn)這是有人蓄意的斷電，他立刻命所有人留在餐廳，自己和柯南，小蘭尋找線(xiàn)索，迷霧漸漸撥開(kāi)，兇手真的是突然消失的小武嗎？

柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時(shí)，理事長(zhǎng)室的優(yōu)勝錦旗被人割破，就在大家議論誰(shuí)是犯人時(shí)，棒球隊(duì)主投小偉自首說(shuō)這件事是自己做的，而他的母親卻說(shuō)是她做的，柯南認(rèn)為事情不會(huì)那么簡(jiǎn)單，便和園子偷偷溜到理事長(zhǎng)室，仔細(xì)觀察了錦旗后，他知道了犯人是誰(shuí)，并利用變聲領(lǐng)結(jié)將大家叫到理事長(zhǎng)室揭露了兇手。