通過大和警官對(duì)若松社長(zhǎng)死訊的調(diào)查，已經(jīng)被毒殺的玉郎便是殺害自己父親若松的兇手，這使案件更加撲朔迷離，柯南和服部一方面拜托高木警官改變方向調(diào)查仰慕若松社長(zhǎng)的人，一方面開始調(diào)查玉郎中毒的原因。找到玉郎中毒原因的柯南和服部把目標(biāo)鎖定在大家的拖鞋上，唯一沒被檢查的社長(zhǎng)夫人卻死在了自己的房間里。

委托小五郎調(diào)查男友柘植是否有外遇的笹森小姐不幸從石階上墜亡，三個(gè)月后小五郎又接到了柘植的電話，他表示會(huì)公開殺害笹森小姐的兇手。除了小五郎之外，在葬禮上吵成一團(tuán)的三人也都被叫到了現(xiàn)場(chǎng)，但當(dāng)他們一起進(jìn)入房間后卻發(fā)現(xiàn)柘植先生已經(jīng)被人殺害，而殺害柘植先生的兇手必定也與笹森小姐的事件有所關(guān)聯(lián)，而兇手就在受邀前來的三人里面。

少年偵探團(tuán)利用連休來到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂趣，但跟著他們一起前來的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購買的老店中卻沒有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來的社長(zhǎng)竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

少年偵探團(tuán)和阿笠博士被之前在露營(yíng)認(rèn)識(shí)的夫妻招待吃烤肉，柯南等人受到了夫妻倆的熱情招待，當(dāng)他們還在吃烤肉時(shí)丈夫表示找不到手機(jī)，夫妻兩人便一起去客廳尋找，但手機(jī)卻在庭院的椅子下面，當(dāng)步美拿去給他們時(shí)卻看到了駭人的一幕。事件看似是丈夫采取防衛(wèi)時(shí)不小心將刀刺向了妻子，但柯南卻從事件中感受到了強(qiáng)烈的不協(xié)調(diào)感。

在宅急便送圣誕蛋糕到阿笠博士家前，柯南等人在公園踢球消化腸胃，途中為了追把保羅咖啡廳當(dāng)做根據(jù)地的貓咪，他們不小心被關(guān)進(jìn)了宅急便的配送冷藏車內(nèi)。想辦法離開的他們看到了貨柜里的尸體，打算向外界求救時(shí)手機(jī)又恰好沒電，拿出手邊所有東西的他們準(zhǔn)備想辦法向外界求助。