朱蒂準(zhǔn)備辭去學(xué)校英語老師工作回美國。小蘭和園子為朱蒂舉辦了送別晚會，在去找中學(xué)同學(xué)七川的時候卻發(fā)現(xiàn)她正被打工的便利店里的訓(xùn)斥。為了洗清朋友小偷的嫌疑，小蘭她們開始尋找沒有留下一點(diǎn)痕跡的小偷。但是從監(jiān)控錄像和店長的證詞中都沒有小偷的蹤影，而店長也準(zhǔn)備把七川送到警察局！

在園子的邀請下，小蘭和少年偵探隊來到奧谷湖舉辦的釣魚大賽，還在這里認(rèn)識了有奪冠資格的鲇川沙織、鱒渕拓也以及擔(dān)任自由作家的船木敏彥一行人，在第一天比賽結(jié)束后的夜晚，鱒渕和船木似乎為了什么事情在澡堂發(fā)生了爭吵，沒想到第二天上午，就在園子等人釣魚的附近，發(fā)現(xiàn)了船木的尸體，警方立刻介入調(diào)查，水井說半年前也曾有人死在那里，柯南認(rèn)為這絕不是巧合，而兇手恐怕就是鲇川和鱒渕其中之一。

柯南和小蘭跟著小五郎來到關(guān)門海峽，還在這里認(rèn)識四個高中時代就是同學(xué)的年輕人，沒想到第二天，他們的另外一名高中同學(xué)真尾被人發(fā)現(xiàn)橫尸關(guān)門橋下，起初警方懷疑兇手就在與死者見過面的那四名同學(xué)中，然而他們都有不在場證明，偵訊過后四個人都擺脫了嫌疑，但柯南卻發(fā)現(xiàn)了破綻。

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來到了詭異的圖書館和導(dǎo)致保坂死去的樓梯，經(jīng)過一圈查看，柯南已大致明白，就在這時，操場中間突然出現(xiàn)了保坂的書桌……

白鳥警官的車突然發(fā)生爆炸，所幸他并沒有當(dāng)場死亡而是被立馬送去了醫(yī)院，在他的手中，佐藤警官還發(fā)現(xiàn)一封和三年前相似風(fēng)格的挑戰(zhàn)書，為了尋找炸彈，警察在慌亂中展開調(diào)查，柯南也從佐藤警官那里得知了，這個爆炸狂與警察的淵源，七年前警察和兩名歹徒產(chǎn)生了誤會，而導(dǎo)致其中一人出車禍死亡，于是這名活下來的歹徒便安放炸彈報復(fù)警察。