阿笠博士送給柯南一幅追蹤犯人眼鏡，柯南本想把發(fā)信器粘在小蘭身上，卻陰錯(cuò)陽(yáng)差的粘在了來(lái)偵探事務(wù)所找爸爸的雅美手表上，根據(jù)女孩提供的信息柯南在賽馬場(chǎng)找到了女孩的爸爸健三，事情本應(yīng)就此結(jié)束，可第二天傳來(lái)的卻是健三的死訊，擔(dān)心雅美有危險(xiǎn)，柯南利用追蹤器找到了一個(gè)高大的男人并非雅美，從柯南另一個(gè)參與此事的偵探口中得知此事并非尋人那么簡(jiǎn)單，深入調(diào)查過(guò)程中，又出現(xiàn)了一樁命案。

小五郎帶柯南和小蘭為四井集團(tuán)董事長(zhǎng)千金麗花慶生，宴會(huì)結(jié)束后，大家的車(chē)都遭到不明人士的破壞，麗花決定住在別墅，一班追求者也表示留下來(lái)陪她。當(dāng)晚，麗花莫名失蹤，大家在尋找麗花時(shí)，二階堂被溺死在噴泉旁邊，之后，小蘭也遭到同樣手法的襲擊，被柯南所救，兇手利用空調(diào)致使停電，因此可以確定犯人就是別墅里的人，這時(shí)，麗花浸在水里的尸體被發(fā)現(xiàn)。

某日，一個(gè)自稱(chēng)柯南媽媽的陌生女人來(lái)接他，柯南第一反應(yīng)就是她可能是黑衣組織的人，因?yàn)樗宄履霞业牡准?xì)以及他的真實(shí)身份，期間，柯南雖趁機(jī)逃脫，但去找阿笠博士的時(shí)再次候被抓，他聽(tīng)到了那個(gè)女人和一個(gè)面具男討論交易藥物的事情，待他們離開(kāi)后柯南按照那伙人留下了線(xiàn)索找到交易地點(diǎn)，可不幸的是他行跡暴露，面具人對(duì)他槍口相向……

柯南隨小五郎參加「名偵探小五郎推理公館」電玩游戲的發(fā)布會(huì)時(shí)，碰到了游戲制作公司滿(mǎn)天堂的三名員工中島、上田和竹下，三人慌亂的存放行李后，趕往會(huì)場(chǎng)，期間，柯南偶然聽(tīng)到一高大黑衣男子的通話(huà)，并從中得知此人和黑衣組織有關(guān)，可還沒(méi)能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理后，柯南發(fā)現(xiàn)這是意料之外的殺人事件，柯南能否得到更多的關(guān)于黑衣組織的線(xiàn)索？

在酒店吃飯時(shí)，一個(gè)神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟蹤并進(jìn)一步詢(xún)問(wèn)得知，此人名叫遠(yuǎn)藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒(méi)有報(bào)警，小五郎決定幫他。次日，犯人打來(lái)電話(huà)要錢(qián)，遠(yuǎn)藤聽(tīng)到了兒子說(shuō)有螃蟹和鯨魚(yú)，這是找到犯人據(jù)點(diǎn)的唯一線(xiàn)索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚(yú)的地方，柯南想起了漏掉的線(xiàn)索，順利找到有「螃蟹和鯨魚(yú)」的地方，將人質(zhì)解救。