柯南去看望同學片岡純，結果被人誤認為是純而遭到綁架。很快，綁架犯吉澤正向純的父親片岡茂電話要求贖金3千萬圓。并且指名交付贖金的必須是片岡的再婚的對方江崎幸子。吉澤在公園得到放有幸子送去的贖金的蜂蜜便當，乘輕四輪車逃走。但是，在警察的追蹤中，車子突然消失在隧道里！

警察局的小五郎案件調查被盜。迷般的黑色神秘組織也許就在附近。柯南懷疑杯戶市酒店也許還有皮斯克的同伴，收集情報的美國女演員克麗絲。同時柯南與平次為刺探可疑的外國女性、英語教師朱蒂的情報，一起去朱蒂的家里。就在這時從公寓上有名男性墜樓。就在暮目警官準備以自殺事件結案的時候平次指出了他殺的證據。

在柯南與少年偵探團的孩子們及阿笠博士看比賽歸途的電車內，支持者赤野被殺。犯人確定在3個人之中。卻沒有決定性的線索。柯南從哀收看的比賽轉播中得到提示，看穿了犯人的謊言。并揭穿了犯人其實沒有看比賽只是通過廣播收聽比賽過程的謊言。而犯人也道出了為被赤野殺掉的弟弟報仇的動機。而此時柯南發現灰原遠離人群，追過去后只看到列車奔馳而去？

毛利偵探事務所來了三個委托人。要求調查失蹤的著名的系統工程師板倉，三人是不同游戲公司的職員，受板倉委托開發各自不同的軟件。小五郎根據三人發來的郵件里的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時候發現板倉已經死亡。在柯南的提示之下暮目警官發現了板倉被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！

柯南、小蘭與小五郎因車子沒油了，得到木山家具社長馬島的款待。社長家的宅院每天會流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發生沖突的一面。這天木山家具為了紀念1號店，聚集了眾多相關者開宴會。而從設計石庭的前社長的兒子、木山智則開始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發現馬島社長死在了石庭的中央！