和葉與服部帶小蘭他們游大阪的時候遇到了一個特殊的旅行團，他們都是豐臣秀吉的崇拜者，因此在團隊中大家都扮演不同的角色，但柯南等人卻惟獨沒有見到“豐臣秀吉”。然而沒過多久，有個人滿身是火的從天守閣上墜落死亡，而此人正是旅行團中的“豐臣秀吉”，服部和柯南在尸體周圍找到了碎片和一個卷軸，這時，和葉說這和十三年前發(fā)生的焦尸案一樣，雖然沒有什么頭緒，但柯南和服部斷定這一定和豐臣秀吉的寶藏有關(guān)。

金澤氏由于被迷樣的狙擊者所威脅，委托小五郎調(diào)查。小五郎等人到了建筑師金澤氏的別墅。大家在巴比0時突然聽到槍聲，循聲去看時金澤氏已經(jīng)被殺害。毛利和警官發(fā)現(xiàn)了兇手殺人的機關(guān)推測犯人可能是外部人員但在柯南的調(diào)查下發(fā)現(xiàn)了兇手就是在島上的內(nèi)部人員。在罪證面前兇手最終承認了罪行同時道出了因為金澤偷盜自己設(shè)計而最終走上不歸路的事情。

茂木認為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當前來“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒想到這個人居然是……柯南引導(dǎo)她說出了整件事的真相，而這時，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發(fā)抖，并在茱蒂老師詢問灰原身份時，對柯南發(fā)出暗示，柯南突然意識到可能有黑衣組織的人在車上，然而當務(wù)之急是找出歹徒的同伙，當公車駛?cè)胨淼罆r，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服并準備帶走一名人質(zhì)以方便逃脫，所幸柯南看穿了他們的計劃，他指揮少年偵探隊做好準備，在公車出隧道的一瞬間采取行動……

少年偵探團在公園看到了可疑的男人。他們知道那個男人是為了向綁架燕秋夫的犯人交贖金的之后，來到了燕宅。原來燕財閥的孫子秋夫被人綁架了。在看了秋夫的畫之后柯南發(fā)現(xiàn)秋夫有留下畫畫地方特征的習慣，尋找秋夫畫里留下的訊息成了關(guān)鍵所在。在少年偵探團的各位的齊心協(xié)力下終于找到綁架秋夫的嫌疑犯的地方并成功救出了秋夫。