阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)一起去參觀西田在家里建造的水族館時(shí)，遇到了旅行回來(lái)的西田的學(xué)生井村，他們用備用鑰匙進(jìn)了房子，沒(méi)想到光彥和元太竟然在廁所的浴缸里發(fā)現(xiàn)了西田的尸體，柯南注意到了死者脖子上的針孔、手指上的粘著劑、關(guān)閉的浴室電燈，并且還在步美的提醒下看到了水族箱里死去的蝦，這種種跡象表明西田是被人蓄意謀殺的，可是警察確認(rèn)為這是意外事件，就在他們準(zhǔn)備結(jié)案時(shí)，柯南說(shuō)出了真相！

就在所有人驚訝于晶子之死時(shí)，樸之木匆忙跑來(lái)說(shuō)漫畫家比良坂也死在了房間中，于是，小五郎、柯南等人急忙趕到現(xiàn)場(chǎng)，這又是一起密室殺人，詭異的是這個(gè)房間的門口堆滿了被撕碎的小煌小姐的海報(bào)碎片，警方展開調(diào)查并對(duì)別墅里的所有人進(jìn)行偵訊，八川談到了澤南被殺的命案，以及比良坂、澤南和樸之木受到不明人士威脅的事情，難道這與此次的密室殺人案有關(guān)系？澤南死前所留下的死亡訊息又隱藏著什么意義？

服部把和葉的護(hù)身符錯(cuò)交給了國(guó)末照明，為了要回裝有服部照片的護(hù)身符，二人到東京。他們找到國(guó)末的朋友并隨他來(lái)到一家運(yùn)動(dòng)咖啡館，不想國(guó)末卻在廁所里被人毆打昏迷不醒。于是，柯南、服部和高木警官一起展開調(diào)查，他們把嫌疑人的范圍縮小到三個(gè)人，并推斷國(guó)末白天觀看的比賽和這起事件有密切關(guān)系，可是他看的到底是什么比賽？這三個(gè)嫌疑人的證詞中又隱藏著什么線索？

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個(gè)嫌疑人展開詢問(wèn)，可是每個(gè)人都有不在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的證明，與此同時(shí)，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識(shí)之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時(shí)將高明救出，把他送到醫(yī)院的時(shí)候，小蘭對(duì)醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個(gè)問(wèn)題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

對(duì)時(shí)鐘狂熱的保科琉璍子在自己的身日宴會(huì)上被刺身亡。在調(diào)查來(lái)賓是古垣透露出犯人肯能是個(gè)胖子的證詞，而在調(diào)查了所有客人后并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)符合猜想的嫌疑人。在聽到大時(shí)鐘的零點(diǎn)報(bào)時(shí)后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人利用報(bào)時(shí)的大時(shí)鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認(rèn)了因?yàn)闉楹糜褕?bào)仇而殺人的事實(shí)。