少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來(lái)過(guò)而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒(méi)想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

公演不能終止，可是主演蓮華卻還是沒(méi)有下落，情況緊急，小蘭自告奮勇決定暫時(shí)擔(dān)任輝夜姬一角。于是，少年偵探隊(duì)出動(dòng)，他們和玉之助一起幫忙找人，期間還遇到為給歹徒送錢而被打昏的片岡秘書大貫，面對(duì)人財(cái)兩空的狀況，柯南能否找到蓮華？《竹取物語(yǔ)》又能否完美謝幕？

柯南和服部必須在第九局下半場(chǎng)前解開暗號(hào)，可是時(shí)間已經(jīng)不多，這個(gè)空白暗號(hào)到底代表著什么，這時(shí)，柯南靈光一現(xiàn)想起了看臺(tái)上所缺少的17和22號(hào)門，但情況危急，必須爭(zhēng)分奪秒，之后服部和柯南推斷出了暗號(hào)所指的位子，沒(méi)到竟然就在小蘭她們附近，三人緊忙跑去，果然找到了第三支手機(jī)，根據(jù)手機(jī)上的數(shù)字，柯南很容易就找到了這個(gè)甲子園惡魔的位置，而他又有什么樣的苦衷？

柯南在車上發(fā)現(xiàn)了一封信后，就更加肯定兇手是這個(gè)叫三角的人，可他到底使用了什么樣的犯案手法？就在柯南百思不得其解時(shí)，瑛祐突然大叫，原來(lái)他的手被擋風(fēng)玻璃的碎片劃傷，小蘭拿出OK繃給他包扎，這時(shí)，柯南靈光一現(xiàn)，知道了兇手的犯案手法，他利用老方法將小五郎麻醉，沉睡的小五郎再次出馬。

某日清晨，柯南等人正在觀察4只青蟲時(shí)看到有警車在附近停靠。為打探消息柯南他們隨即趕往現(xiàn)場(chǎng)。根據(jù)高木刑警的敘述得知，獨(dú)自生活的一位老人被殺。利用午休時(shí)間，高木等人來(lái)到學(xué)校。據(jù)說(shuō)昨晚，有個(gè)少年剛巧目擊了犯罪經(jīng)過(guò)警方隨即來(lái)尋找那名少年。高木雖然找到了那名目擊者圭一，但是圭一卻不承認(rèn)看到過(guò)犯人。