柯南在朋友們?nèi)D書館做讀書報(bào)告時(shí)，警察突然來詢問圖書館職員玉田失蹤一事，館長津川表示自己也不清楚，警察做了簡單的搜尋后離開。但少年偵探團(tuán)留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長曾鬼鬼祟祟的來過一次，等他離開后，大家發(fā)現(xiàn)館長在利用圖書館進(jìn)行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長殺害的玉田的尸體時(shí)，沒想到館長也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團(tuán)能否順利脫險(xiǎn)？

柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時(shí)，理事長室的優(yōu)勝錦旗被人割破，就在大家議論誰是犯人時(shí)，棒球隊(duì)主投小偉自首說這件事是自己做的，而他的母親卻說是她做的，柯南認(rèn)為事情不會(huì)那么簡單，便和園子偷偷溜到理事長室，仔細(xì)觀察了錦旗后，他知道了犯人是誰，并利用變聲領(lǐng)結(jié)將大家叫到理事長室揭露了兇手。

打棒球時(shí)，元太不小心傷到一名流浪畫家，送到醫(yī)院檢查才知道他失去了記憶，后來畫家悄悄離開。幾日后，畫家的尸體被發(fā)現(xiàn)，為調(diào)查真相，少年偵探團(tuán)出動(dòng)，他們按照畫家的素描找到了一戶叫早瀨的家中，主人熱情招待這群孩子，柯南留意到這位夫人丈夫的遺像和死者很相像，進(jìn)一步調(diào)查后，他將銀杏、窗戶、燒焦的痕跡、帶眼鏡的被害者、墻壁上的畫串聯(lián)起來，沒錯(cuò)！兇手就是她。

少年偵探團(tuán)在海灘度假的時(shí)候，偶然認(rèn)識(shí)了春日財(cái)團(tuán)的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時(shí)撿到了小忍發(fā)出的SOS求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們?cè)谝粋€(gè)洞窟找到小忍，原來這都是春日的安排，眼看海水滿潮，無法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出丑惡嘴臉以步美為人質(zhì)，關(guān)鍵時(shí)候小蘭趕來，將春日制服。

柯南去體育俱樂部館參觀時(shí)，正巧看到水上運(yùn)動(dòng)的西條、成瀨和木島發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)的一幕，而體育俱樂部負(fù)責(zé)人佐伯和跳水代表西條也存在著某些不愉快。當(dāng)晚，小五郎接到目暮警官的電話說西條死亡，因?yàn)闆]找到什么有用的線索，警方準(zhǔn)備以意外死亡結(jié)案，可是柯南注意到這是件謀殺案，柯南找到目擊證人并從他的繪畫中看透事情的真相，兇手一定就是那個(gè)人。