莫愁救出的那位女子自稱是《紅樓夢》作者曹雪芹之妻湘云，因慕紀曉嵐之名，特意拜訪，希望能借助正在編纂《四庫全書》的紀大人之手，使“紅樓”重見天日。紀曉嵐與寄居其府宅“閱微草堂”的小月、莫愁為書中情節所感染，急欲一睹作者面目，一起來到香山紅葉村，眼前的景象卻著實凄涼：殘垣斷墻，人去室空，只有作者遺像懸掛在墻上。正身傷感，卻被福康安的大隊人馬圍堵，說是要搜捕反清復明的殘孽余黨。 利用《紅樓夢》這部所謂的反書，福康安落井下石，將紀曉嵐投入天牢，和幸災樂禍，假意探望。正當小月、莫愁一籌莫展，從泰山而來的皇上口諭意外地救了他們。原來太后嗜好紀府以中藥炮制的話梅，限期二日之內速送至泰安府。剛剛在第一回合的較量中占了風頭的和雖不甘就此罷休，憚于太后、皇上之命，放了紀曉嵐出獄。 湘云怕《紅樓夢》書稿被抄沒和失落，執意要求由紀曉嵐來保管，面對她的信任，紀曉嵐決心不惜身家性命，定為這部千古奇書盡了綿薄之力，使之盡早刊行于世。

紀曉嵐義正詞嚴，歷數“監糧”案中上下官吏貪污、無恥的惡行，皇上萬分震驚。但鑒于牽扯人員太多，法不責眾，只將主犯王旦望正法，以震懾那些貪心亡命之徒。 貪官污吏被繩之以法，百姓歡呼雀躍，紀曉嵐不敢放松警惕，居安思危，某日，負責登記王旦望被抄沒家產的文書王斬柱，向紀曉嵐透露，王家贓物中不少貴重珍品已被私吞。 莫愁、小月閑來無事，拿和消遣，硬要他陪同逛街，三人信步來到一古玩店，竟有意外收獲，先后購得一枚蘇卿憐曾戴的頭飾和名畫《清明上河圖》。和明知這都是被官府沒收的贓物，命人告密，大內侍衛領兵查封了古玩店和當鋪，和又借機敲詐“監糧”案主審江南道御史陳輝祖。 從莫愁、小月的閑聊中，紀曉嵐得知贓物出處，陷入對這個“案中案”的沉思當中。 陳輝祖早就準備了一厚一薄兩本帳冊，應付府衙存檔，并決定將罪過推倒因害怕報復正逃之夭夭的王斬柱身上。

福康安來勢洶洶，必欲加害紀曉嵐，不想迎面而來的竟是當今圣上，原來，太后、皇上一行已返回京城。紀曉嵐撫琴，小月吟唱，一曲《葬花吟》令人蕩氣回腸。紀曉嵐抓住時機，對紅樓極盡贊美之詞，并聲明《石頭記》就是《紅樓夢》，作者蒙受了不白之冤。使曾下令禁毀此書的皇上格外為難。 太后鐘情“紅樓”，紀曉嵐將書稿送入慈寧宮，并讓湘云伴讀，有了太后庇護，此書當逃被毀厄運。 皇上就書中是否有反清復明的傾向征求和、福康安意見，和受陳未元賄賂，建議改寫后四十四，以符合人倫禮教。 太后對紅樓人物津津樂道，每日與湘云品書說書，湘云天真，指望太后能幫她擺脫與陳未元的不幸婚姻，拂逆了其骨子里的三綱五常，被請出宮門。紀曉嵐利用和貪贓受賄，心中有鬼的心理，寧可放棄被之霸占的三幅字畫珍品，要求和出面，向陳未元施加壓力，給湘云自由。 太后聽信讒言，將湘云發配與其夫陳未元離京回原籍，紀曉嵐萬不得已，懇請皇上，他的坦蕩襟懷，至性至性終于感動了上蒼，然而一切都太晚了，湘云在百般痛楚中已自刎身亡。

紀曉嵐在眾信徒面前一一揭露了李二設下的騙局。眾信徒醒悟，李二只得低頭認罪。紀曉嵐將當初留在海升之妻身上的四指掐痕與任五的手印做對比，兩者吻合，乾隆意識到海升被陷害。紀曉嵐讓海升與小芳做臨別遺言，兩人真情流露，隔壁的乾隆終于了解了冤情。乾隆下令嚴懲真兇，并賜海升與小芳完婚。早朝之時，乾降于閑談之中指出朝廷里存在結黨營私、欺上瞞下的現象，百官皆心虛不已，噤若寒蟬。下朝后，和珅竭力表示自己一身清白，卻偏偏遇到了正在等候自己的同黨——浙江巡撫盧焯。

小月望著一片廢墟、傷心之極。從小春口中得知紀曉嵐等已從暗道逃走，小月破涕為笑。乾隆向百官念叨缺少銀兩以備軍需，紀曉嵐帶領著工匠出現，許諾可以幫乾隆解決難題。人證、物證俱在，齊蘇圖只得低頭認罪。銀妃以死要挾乾隆放過齊家。見乾隆不為所動，銀妃自盡。和珅為了擴大自己在朝中的勢力，暗中支持村夫李二組織邪教，從而謠言惑眾，籠絡人心。一時之間，朝廷內外盡是李二的信徒。工部因大做法事導致衙門失火。和珅答應撥款給工部金尚書以重修工部衙門。御史海升之妻組氏參加了當日作法，海升將失火原因告知了紀曉嵐。和珅同黨吳省蘭將作法用書《佛法心經》奉與皇上，并夸口只要通讀此書，便可百病不侵。和珅不失時機地推薦吳省蘭任左都御史。乾隆以紀曉嵐著成《四庫全書》為由，指派他上任左都御史，并對其寄予厚望。紀曉嵐上任之時，和珅的黨羽劉構傲慢無禮地當眾打坐，向紀曉嵐挑釁。紀曉嵐覺察出邪教實力強大，決定剝繭抽絲，調查到底。