被害的真紀的因為錢包不見了，被疑為是強盜殺人。乍看之下雖然像是強盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場證明是否可以確立，這時這一行人中復雜的人際關系一點一點浮現(xiàn)出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個邪惡的計劃。在“沉睡的小五郎”的解說下兇手最終浮出水面來。

雖然對現(xiàn)場進行了調查，但警方無論如何都找不到?jīng)Q定性的證據(jù)，束手無策之時，小五郎提出了他的自殺論，并且得到了目暮警官的認同，就在警方準備以自殺結案時，話劇中的黑衣騎士突然出現(xiàn)，在否定了自殺論之后，他摘掉面具，而面具下面正是那張讓小蘭朝思暮想的面容，沒錯，真正的工藤新一登場，在進行了一番精彩絕倫的推理后，他卻再次昏倒……

因為抽獎時抽到了一等獎，小五郎帶著小蘭和柯南來到位于深山的旅館。賓館的主人寺泉是愛車一族收藏了非常多的名車。在房間柯南無意中聽到了奇怪的對話，此時寺泉找到小五郎說明自己最近突然到了恐嚇信，希望小五郎能夠保護他一直到名車展示場的開業(yè)儀式。突然，出現(xiàn)了三位不速之客。原來寺泉通過不光彩的手段收購了他們的愛車。在車展的當天卻發(fā)現(xiàn)寺院死在了車上！

小蘭發(fā)現(xiàn)“影秋村”的村長船木也被殺害。柯南發(fā)現(xiàn)矢部賬戶每月固定打入的匯款，在詢問了駒井關于7年的事故之后確定了這次的殺人事件與七年前BONNET公交車發(fā)生的事故有關。在拜托教授調查了事故之后柯南發(fā)現(xiàn)兇手的身份并發(fā)現(xiàn)兇手欲重演悲劇，他獨自登上觀光車與犯人對峙阻止了悲劇的發(fā)生。

警方從案件相關人的口中得知，一年前被害者曾在這個停車場撞死過一個小男孩，之所以出現(xiàn)車禍就是因為當時被害者穿著厚底鞋而無法及時剎車，一番追查后，柯南發(fā)現(xiàn)兇手就是……與此同時，只身在百貨公司內的園子遭到了兇手追殺，在黑暗的百貨大樓里很難鎖定園子的位置，危機時候，目暮警官及時出現(xiàn)擋住了兇手的襲擊，但他卻因此受傷。數(shù)日后，大家一起去醫(yī)院看望目暮警官時，從松本那里得知了目暮警官的秘密。