毛利小五郎受古董收藏家丸傳次郎之托，調(diào)查他太太丸稻子是否有外遇。結(jié)果遇到傳次郎有客人來(lái)拜訪。但是兩三個(gè)小時(shí)過(guò)去后仍然不見(jiàn)傳次郎的蹤影，在進(jìn)入的房間后發(fā)現(xiàn)傳次郎已經(jīng)被殺害！而房間的墻壁上也不滿了劍痕。經(jīng)過(guò)調(diào)查后犯罪嫌疑人鎖定在了在小五郎之前來(lái)拜訪傳次郎的客人中。最終通過(guò)勘察現(xiàn)場(chǎng)柯南發(fā)現(xiàn)了死者留下了死亡訊息并最終找出了犯人。

少年偵探團(tuán)幫隔壁班浩樹(shù)找貓的時(shí)候，無(wú)意中在一戶人家的浴室里發(fā)現(xiàn)尸體，柯南趕緊叫來(lái)警察調(diào)查，開(kāi)門的是一個(gè)脾氣很差的大叔，柯南沖進(jìn)浴室卻發(fā)現(xiàn)尸體不見(jiàn)了，而這個(gè)大叔卻表示什么都不知道，自己則回二樓去睡覺(jué)讓警察隨便找，這時(shí)，臭脾氣大叔的弟弟回家并幫忙一起尋找，經(jīng)過(guò)一天的搜查，警察無(wú)獲而返，但是不甘心的偵探團(tuán)在夜里繼續(xù)調(diào)查，柯南一人潛入，卻遇到了危險(xiǎn)……

柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時(shí)，理事長(zhǎng)室的優(yōu)勝錦旗被人割破，就在大家議論誰(shuí)是犯人時(shí)，棒球隊(duì)主投小偉自首說(shuō)這件事是自己做的，而他的母親卻說(shuō)是她做的，柯南認(rèn)為事情不會(huì)那么簡(jiǎn)單，便和園子偷偷溜到理事長(zhǎng)室，仔細(xì)觀察了錦旗后，他知道了犯人是誰(shuí)，并利用變聲領(lǐng)結(jié)將大家叫到理事長(zhǎng)室揭露了兇手。

這天，少年偵探團(tuán)跟阿笠博士一起來(lái)到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場(chǎng)由博士的朋友三上導(dǎo)演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說(shuō)出了電影要在今年終結(jié)的事實(shí)。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來(lái)松井竟然被人刺殺！當(dāng)少年偵探團(tuán)的各位趕到片場(chǎng)時(shí)看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場(chǎng)！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服。看似毫無(wú)頭緒的現(xiàn)場(chǎng)在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。

為找到更多的線索，柯南和服部對(duì)長(zhǎng)門家的門衛(wèi)和廚師等人逐一進(jìn)行詢問(wèn)，并且在對(duì)個(gè)個(gè)房間的搜查中，找到了女仆口中的床單，而且根據(jù)秀臣房間的電話留言，兩人重新推斷出了秀臣的死亡時(shí)間，一切準(zhǔn)備就緒，服部叫來(lái)目暮警官，重現(xiàn)當(dāng)時(shí)犯案的場(chǎng)景，兇手就是那個(gè)人，但逼死兇手絕不是一個(gè)偵探想要的結(jié)果。