宇佐美過去曾殺害過被害者的孩子。而喝醉酒的宇佐美對事件記憶不清，這樣為案件辯護的英理看來沒有勝望。小五郎雖是想證明宇佐美的不在場證明，卻作為檢察官方面的證人出庭。對疑點懷有疑問的柯南讓小五郎作為辯護方證人再次出庭，進行了新的推理最終指出了犯人的真實身份。美真治的嫌疑終被洗清。

霧之峰賓館的主人寺院晚上開車出去兜風，第二天在停車場發(fā)現(xiàn)坐在車子里的寺院已經(jīng)死了。在調(diào)查的過程中發(fā)現(xiàn)每個人和寺院似乎都有過節(jié)。柯南發(fā)現(xiàn)車罩上裂痕的疑點，而停車場看守的證詞又增加了疑團。最終柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法并當場演示給眾人，而殘留的焦油也暴露了兇手的身份。

被害的真紀的因為錢包不見了，被疑為是強盜殺人。乍看之下雖然像是強盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場證明是否可以確立，這時這一行人中復雜的人際關(guān)系一點一點浮現(xiàn)出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個邪惡的計劃。在“沉睡的小五郎”的解說下兇手最終浮出水面來。

柯南在調(diào)查橘律師釣魚的小船之后發(fā)現(xiàn)可疑的痕跡和莫名遺失的船錨。之后衫村小姐說出熊田達也事情的真相。在看到約翰的狗屋的牌子之后柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向眾人闡述了兇手利用潮水漲落的犯罪手法和殺害熊田達也的發(fā)法。而兇手也主動承認了罪行并道出了殺人的理由。

備前千鶴在飯店房間里上吊，因而被眾人認為是自殺。在柯南的啟發(fā)下小五郎發(fā)現(xiàn)千鶴是他殺的肯能性。在警方的詢問下眾人都有殺害千鶴的肯能。在調(diào)查飯店的屋頂之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人飛翔一般的作案手法和留下的證據(jù)。在證據(jù)面前兇手最終承認了罪行，同時道出了和千鶴和自己弟弟的過往以及殺害她的原因。