這天小五郎和柯南看到警車駛過(guò)，便和目暮警官一同趕往殺人現(xiàn)場(chǎng)。原來(lái)是公寓的某屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了小說(shuō)家齊川村子的尸體。死因是頭部被物品打擊致死。發(fā)現(xiàn)尸體的是迷宮出版社的編輯遠(yuǎn)野舜一和公寓管理員村田啟三。遠(yuǎn)野說(shuō)齊川之前收到了恐嚇的明信片。而在警方的調(diào)查下柯南最終發(fā)現(xiàn)了犯人的真面目。

在FBI制定作戰(zhàn)計(jì)劃的同時(shí)黑暗組織就已經(jīng)展開(kāi)了行動(dòng)，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測(cè)敵人的意圖時(shí)，杯戶中央醫(yī)院突然涌來(lái)大波病患，這無(wú)疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫(yī)院陸續(xù)出現(xiàn)送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫(yī)院爆炸，后果不堪設(shè)想，柯南和赤井秀一又會(huì)采取什么行動(dòng)？

步美發(fā)現(xiàn)圖書館的書被人撕掉了一頁(yè)，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒(méi)上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。

小五郎載柯南和小蘭去泡溫泉的時(shí)候，目暮警官突然打來(lái)電話，說(shuō)他們租來(lái)的這輛車子上被人安裝的炸彈而且時(shí)速必須保持在20公里以上，否則就會(huì)引起爆炸，面對(duì)這種突發(fā)狀況，小五郎只能繼續(xù)開(kāi)車等待警察前來(lái)救援，但是即使打破玻璃救走小蘭和柯南，卻依舊無(wú)法保證小五郎的安全，如何讓車子在保持時(shí)速的情況下停止？犯人到底與小五郎又有何恩怨？

康司、義郎以及綾華這三位死者有一個(gè)共同點(diǎn)，那就是他們?cè)c阿景和繁次一起挖過(guò)武田信玄的秘密金山。之后，柯南和服部去龍尾家查看武田信玄的盔甲時(shí)碰巧看到了他常用的軍事戰(zhàn)略“風(fēng)林火山”而這正好與康司、義郎和綾華的死亡狀況相符合，那么，由此可以推斷兇手出接下來(lái)可能要施以目標(biāo)以火刑，就在這時(shí)，和葉打來(lái)電話說(shuō)有人倒大火之中，而這個(gè)人就是繁次。