死羅神和服部一唱一和，兩人一起揭穿了假新一的身份并且還將當年村長及其妻子遇害一案再次向大家說明，而這個死羅神自然也就是工藤新一本人。案件結(jié)束后，新一的身體再次發(fā)生變化，幸虧灰原的及時趕到，新一才保住了秘密不被發(fā)現(xiàn)，在驅(qū)車回家的途中，一輛車很危險的在馬路上行駛，當大家努力將其攔下后卻發(fā)現(xiàn)開車的人已被人勒死。

雖然沒找到什么關(guān)鍵線索，但小五郎他們卻從當?shù)厝丝谥械弥怂懒_神的傳說，難道這一切都是死羅神的懲罰？次日一大早，新一就獨自前往日源村長家，當服部趕到時，竟然看到新一滿身是血的站在記者河內(nèi)深里旁邊，他深信兇手一定不是新一，于是在警察趕到前將他藏到了后車廂，并且還特意交代讓小蘭、和葉等人暫時瞞過警察，可小蘭卻突然跑進了森林……

柯南、少年偵探團、哀、阿笠博士來到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時，村長的兒子中嶺和助手垂水乘坐運送螢火蟲的貨車到達。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結(jié)隊的飛了出來。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時，助手垂水接到一通中嶺打來的電話，說中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達時，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲。。。

少年偵探團一行人坐阿笠博士的車去露營，但車子因為沒油停在了半路而進退兩難，正好古董車車主周藤豪貴路過此地，他不但沒有幫助柯南他們還留下了狠毒的話離開，沒過多久山上的別墅發(fā)生了爆炸事件，當大家趕到時，看到的卻是在熊熊大火中燃燒的古董車和他悲痛欲絕的未婚妻銀林惠奈，乍看似乎是起意外事故，可惠奈的態(tài)度引起了柯南的懷疑，難道兇手就是她？

FBI的所有警員立刻將送至各個病房的炸彈進行回收，就在這時，水無憐奈出現(xiàn)在電視上，為一探究竟，所有搜查員都聚集到水無憐奈的病房，卻發(fā)現(xiàn)她好好的躺在那里，而這其實才是黑暗組織的目的，他們在炸彈上還安裝了發(fā)訊器，這樣一來水無憐奈的位置一目了然。既然已經(jīng)暴露，那就只能立刻將她轉(zhuǎn)移，為混淆視聽，F(xiàn)BI派出了三輛車，但即便如此今恩還是做出了判斷。