前往洋子演唱會的途中，小五郎弄丟了門票，這時，碰巧遇到了一個叫青島全代的小姐，她表示如果能接她妹妹聽演唱會，就愿意把多余的門票讓給小五郎。當大伙兒到全代的家時發(fā)現(xiàn)她的妹妹美菜在一個密閉的浴室中狀似自殺死亡多時，這個浴室的門窗縫隙全部從內(nèi)部用膠帶貼住，經(jīng)過鑒識膠帶上只有美菜一個人的指紋，雖然警方認為這是自殺案件，但種種疑點表明這絕對是謀殺。

柯南等人來到一所蓋有五重塔的鄉(xiāng)間寺廟，因為這里要開發(fā)觀光而導致寺方和觀光公司產(chǎn)生了爭執(zhí)，次日，觀光公司的社長小田英明被人發(fā)現(xiàn)尸體吊在五重塔的尖端，就好像五重塔的傳說一樣，凡是破壞寺廟戒律，都會嘗到惡果。在對尸體及其周圍調(diào)查后，柯南找到了真正的案發(fā)現(xiàn)場。

園子和小蘭購物結(jié)束坐公交的時候，有一位自稱是設(shè)樂的老人坐在了小蘭旁邊，他說自己認識小蘭并打算去趟毛利偵探事務(wù)所，聊著聊著小蘭睡著了，醒來的時候老人已經(jīng)離去，可是小蘭卻很擔心老人的安危，執(zhí)意要去公車站找老人，這時，柯南發(fā)現(xiàn)小蘭的包里多了一張磁片，這張機密磁片的內(nèi)容到底是什么？老人又到底去了哪里？

阿笠博士以少年偵探團為對象進行了一場尋寶之旅，舞臺就是阿笠博士的叔叔住的一個別墅，但在他叔叔過世的50年來，這棟本不該有人進出的別墅卻發(fā)現(xiàn)有人來過的痕跡，他們還找到了一系列由月亮、星星和太陽組成的古怪暗號，連博士事先藏好的玩具也被人用刀劃壞，這幢別墅一定暗藏玄機。

柯南一直到吃晚飯的時候都還不見蹤影，博士去找他時也被不明人士打昏。深夜，不放心博士和柯南的灰原等人決定在古堡進行搜索，然而他們卻沒有發(fā)現(xiàn)兇手正悄悄跟在他們后面，大家跟著灰原來到柯南消失的密室，并發(fā)現(xiàn)了血跡和石頭上的留言，古堡越來越詭異，之后，光彥和元太也不知了去向，步美和灰原進一步深入古堡，就在她們也發(fā)現(xiàn)那具骷髏時，兇手出現(xiàn)。