柯南和元太等人在外玩耍時，遇到了三個對蜘蛛很有研究的人，于是大家興致勃勃的觀看浦崎所飼養(yǎng)的毒蜘蛛，這時，系川打電話給新野教授，可對面卻傳來一聲慘叫。待大家到達(dá)研究所時，教授已經(jīng)身亡，雖然柯南在現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了毒蜘蛛，卻并沒有找到相應(yīng)的血清，并且他還發(fā)現(xiàn)有人對電話動了手腳，由此判斷教授并非死于意外，這是一起謀殺案件，與教授相識的這三名蜘蛛愛好者都有殺人的動機(jī)，兇手一定就在他們之中。

大金和港南高中的比賽如火如荼的進(jìn)行著，坐在一旁的大龍警官看著這些在賽場上揮灑汗水的年輕人不禁懷念起了曾經(jīng)為棒球而努力的自己，然而這個地方有人愛自然也有人恨，這時，被人遺落在服部腳邊的手機(jī)響起，沒想到這竟然是一通恐嚇電話，這個自稱甲子園惡魔的人讓服部在比賽結(jié)束前，找到他在觀眾席留下的三支寫有線索的手機(jī)以及他自己的的位置，否則后果不堪設(shè)想，情況危急，服部，柯南和大龍警官便在這茫茫幾萬人的球場中展開了搜查。

在趕來支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨(dú)自駕駛摩托的水無包圍，然而，馬路上卻出現(xiàn)了一個撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無出車禍?zhǔn)軅Ａ硪贿叄穸髟谒疅o換下的衣物里發(fā)現(xiàn)了粘在鞋底的發(fā)信器和竊聽器，便臨時決定變更目標(biāo)向米花鎮(zhèn)駛?cè)ィ履喜煊X到他們的行動，意識到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮(zhèn)，而此時黑衣組織已經(jīng)瞄準(zhǔn)了小五郎……

服部平次和遠(yuǎn)山和葉特地趕到東京，邀約柯南和小蘭一起去大阪看甲子園球賽和寶塚歌舞，不巧的是這兩個節(jié)目居然在同一天舉行，為了決定看什么，服部和和葉爭論不休，這時小五郎提議進(jìn)行一場推理賽來決定去哪里，他將警方委托他調(diào)查一起殺人事件交給了平次和和葉。這起案件的死者是玩具公司的社長，在案發(fā)現(xiàn)場服部準(zhǔn)確的說出了死亡方式以及兇器，并且還發(fā)現(xiàn)了死者用積木留下的死亡訊息，和葉心有不甘也認(rèn)真投入到暗號的破解之中，這兩個人到底誰更勝一籌呢？

為調(diào)查真相，柯南又重返兩個案發(fā)現(xiàn)場，沒想到會有新的發(fā)現(xiàn)，他從鑒識人員那里得到了小提琴琴橋以及指揮棒的尖端，只要有這兩個東西，蓮希奶奶自殺的結(jié)論就可以被推翻，柯南依舊利用老方法把小五郎麻醉，將四名最有嫌疑的人叫道蓮希奶奶死時所在的房間，將兩年前以及今天所發(fā)生的慘案真相一一道出……