紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

《紅樓夢》被定為禁書，在民間卻廣為流傳，可人們看到的大多是斷篇殘簡，如何能讓這部奇書完好無損，不致遭到失傳的厄運，紀曉嵐頗費周折。從湘云的詩謎得知書稿尚在藏經閣中，寫盡人間男女情愛的書卻混在四大皆空的佛經當中，這中間所蘊藏的悲涼，真是令人嘆之不已。 莫愁、小月押運《紅樓夢》書稿途中，被福康安率兵擄去，二人愧疚，負荊請罪，紀曉嵐忙請之釋懷，原來箱中不過是一堆石頭，老奸巨滑的和這一回不肯上當，派人偷偷潛入藏經閣，終于把《紅樓夢》全本真跡搶在手中。 莫愁心生一計，與小月攜手來到一家熱鬧的戲園，原來和寵愛的九姨太正與一武生演員眉來眼去，趁二人私會之際，莫愁和小月劫持了妖冶風騷的九姨太，想以此作籌碼，與和討價還價。 為挽救書稿，湘云不顧個人安危，冒死求見和，幻想求得他的理解欣賞，深知和貪婪好色，聞聽湘云只身入虎穴，紀曉嵐擔憂不已。

京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

太后被紀曉嵐的肺腑之言所感動，答應出面參與調查。和珅的文字獄愈搞愈烈。和珅煽動乾隆命紀曉嵐將顏驥的藏書付之一炬，紀曉嵐巧設妙計保住藏書。如玉在和珅的安排下結識小月，小月對如玉的學識很是佩服并求教于如玉。看到小月的學問突飛猛進，紀曉嵐不禁對如玉產生好奇。小月將紀曉嵐介紹給如玉，紀曉嵐對如玉的品行頗為欣賞。和珅將摻有迷hun藥的煙草送給紀曉嵐，趁紀曉嵐神志不清時，和珅讓其寫下顏驥窩藏反書的奏章。如五發現家父的藏書均在紀曉嵐家中，于是誤認為紀曉嵐為霸占藏書而將顏驥迫害致死，不由對紀曉嵐更加仇恨。

齊蘇圖對大夫洪仁軟硬兼施，得到了一劑可以使人致瘋的藥方。齊蘇圖讓牢頭將藥放到雞湯里。紀曉嵐用散銀試出湯里有毒。為了麻痹對方，紀曉嵐假裝將湯喝下。小月在和珅手下的胡亂指示下，找遍了每個地方卻一無所獲。銀妃懇請乾隆嚴查齊家暴尸一案，乾隆應允。紀曉嵐無意中得知湯里的藥會使人致瘋，于是將計就計，開始裝瘋。小月發現了一直跟梢的劉全，知道其中有鬼。小月要進宮面圣，和珅忙加以阻攔。這時劉全來報，聽說紀曉嵐瘋了，和珅立刻變得有恃無恐起來。得知紀曉嵐失蹤，乾隆決定查個究竟。乾隆設計假裝巧遇和珅和小月，然后提出要調查吏治，誰先進牢誰贏。和珅大鬧集市，誰知官差視而不見。乾隆假裝要殺小月，官差卻見死不救。三人使盡渾身解數，終于同時入了獄，監獄里發現了瘋瘋癲癲的紀曉嵐，乾隆和小月見狀痛心疾首。乾隆怒斥順天府尹玩忽職守，將其革職查辦。紀曉嵐在大殿之上裝瘋賣傻，把和珅和齊蘇圖一頓臭罵，透露了很多隱情。