某天，小說家任太朗的女兒香保里來到小五郎的事務所，拜托他找兩個月前留下紙條就突然失蹤的父母，可奇怪的是任太朗每個星期連載的小說卻會按時傳真到出版社，于是，柯南一行人趕到出版社，看到任太朗的原稿后，大家找到了幾點難以理解的部分，然而這些就是拯救任太朗的主要線索，柯南從小說中讀出了任太朗留下的消息，但歹徒的目的到底是什么？
少年偵探團從事務所的答錄機上聽到天氣播報員淺野亞紀的留言，便私自決定代替小五郎去處理事件，來到電視臺后，亞紀熱情招待大家，還記下了柯南的call機的號碼，期間，亞紀接到了一通電話匆匆離去。在等待的過程中，柯南的call機收到了亞紀發來的留言，根據這些陸續發來的數字，大家推斷出亞紀一定是遇到了危險，經過反復推敲和琢磨，柯南終于明白了其中的含義，并按照這個訊息找到了被綁架的亞紀。
元旦當天，少年偵探團一起到國立競技場看足球決賽，卻看到l了足球被槍射中，這時，正在為天皇杯決賽進行轉播的日賣電視臺，接到了歹徒索要五千萬元的恐嚇電話，如果讓他發現比賽中止讓觀眾撤離的狀況，他將立刻對場內的觀眾進行掃射，電視臺依照歹徒的指示將錢袋準備好之后就在周圍埋伏了帶待命的警官，然而警察只抓到了歹徒同伙，歹徒通過電話說因為日賣電視臺的報警所以要殺雞儆猴，情況愈發危機。
就在警方焦頭爛額的想暗號含義時，遠在大阪的服部給出版社打來電話說自己已經破解暗號即就是「請快點救我」，但接下來的信息卻難以用同樣的方法讀取。柯南看著這些文字也無計可施，然而別人的對話卻突然點醒了他，他以另外一種方法解讀出作者的所在和目前的狀態后，便引導警方和小五郎發現了其中隱藏的信息，但當大家趕到任太朗的所在地時，卻并沒有發現任何歹徒……
柯南向大家分析兇手是有目的的要殺某個人，這時，警察說他們在木柴那里找到了一盒磁帶和包有雨衣的兇器，聽過磁帶之后，柯南揭穿了想要殺死義房的兇手敬子，但當問及真知子的死亡時，敬子卻矢口否認，柯南說兇手確實不是敬子而是另有其人，還沒待他講完案件，那個鬼鬼祟祟的墨鏡男出現了，他居然是……