紀曉嵐夜讀時又接到被扔進窗子的紙條，上面寫有郭天的消息，紀曉嵐懷疑黑衣人正是張了了。紀曉嵐夜探郭天，得到通報的和珅與盧焯眼見沒有退路，只得慌忙扮成囚犯躺在隔壁囚房。乾隆看到瑤琴乘坐的馬車很是欣喜，不料落入盧安的圈套，也被一同押走。乾隆三人被關在洞中，外面重兵把守。乾隆佯裝自殺以騙過盧安，再見機救出瑤琴。紀曉嵐終于醒悟，誓要擺脫情感糾葛，全力調查國庫虧空一案。紀曉嵐扮作江湖郎中，偶遇掌管賬本的宋司庫，以自己掌握的情況博得宋司庫信任，并抓住其惶恐的心理，以消災為由取得真賬本。和珅模不透紀曉嵐葫蘆里賣的是什么藥，便決定先下手為強，命盧安將瑤琴押回杭州以要挾郭天認罪，卻沒料到乾隆在盧安即將動身時救出瑤琴。

天高云談，秋爽宜人。小月興致勃勃地觀賞著藍天上飛舞的風箏，并偶然與來京面的書生祝軍豪相識。軍豪的誠篤、善良給小月留下了十分美好的印象。 皇上不臨早朝，卻專心致志地放起風箏來了，紀曉嵐毫不客氣地把風箏線扯斷。后被告知風箏乃是十八格格為湖廣兩地遭水患的災民祈福而做，紀曉嵐受命必須在三日之內找順斷線的風箏。 風箏隨風而去，飄落至軍豪干娘家，三姑是一俗氣的市井婦人，見風箏精致，便拿到街上欲賣幾分小錢，不想卻被官兵以倒賣皇家之物的罪名罰去掃街。 風箏落到和手上，他秘而不宣，卻假意替紀曉嵐著急，送來一張十八格格所制風箏的圖樣，紀曉嵐偏不上當，在仿做的風箏上特意標明“拋磚引玉”，以誠實贏得了皇上的諒解。 從來帝王多風流，自古美人愛英雄。備受太后青睞的莫愁，早已和皇上私通款曲，暗結珠胎了。這天，她因體弱暈倒，被太后得知實情。為了不傷害心上人，在雷霆大怒的太后面前，莫愁守口如瓶。

小月望著一片廢墟、傷心之極。從小春口中得知紀曉嵐等已從暗道逃走，小月破涕為笑。乾隆向百官念叨缺少銀兩以備軍需，紀曉嵐帶領著工匠出現，許諾可以幫乾隆解決難題。人證、物證俱在，齊蘇圖只得低頭認罪。銀妃以死要挾乾隆放過齊家。見乾隆不為所動，銀妃自盡。和珅為了擴大自己在朝中的勢力，暗中支持村夫李二組織邪教，從而謠言惑眾，籠絡人心。一時之間，朝廷內外盡是李二的信徒。工部因大做法事導致衙門失火。和珅答應撥款給工部金尚書以重修工部衙門。御史海升之妻組氏參加了當日作法，海升將失火原因告知了紀曉嵐。和珅同黨吳省蘭將作法用書《佛法心經》奉與皇上，并夸口只要通讀此書，便可百病不侵。和珅不失時機地推薦吳省蘭任左都御史。乾隆以紀曉嵐著成《四庫全書》為由，指派他上任左都御史，并對其寄予厚望。紀曉嵐上任之時，和珅的黨羽劉構傲慢無禮地當眾打坐，向紀曉嵐挑釁。紀曉嵐覺察出邪教實力強大，決定剝繭抽絲，調查到底。

紀曉嵐頗為欣賞如玉的才情，于是讓如玉女巧扮男裝，跟隨自己去大內看《四庫全書》的編纂。和珅將紀曉嵐寫下的奏章呈給乾隆，乾隆大悅，讓紀曉嵐在宮中騎馬作為獎勵。和珅散布謠言說紀曉嵐當初扣下顏驥的藏書只為查反書以取說皇上，眾官皆信不已，紀曉嵐有口難辯。顏驥的學生戴沾一直潛心幫紀曉嵐著書，得知此消息，痛斥紀曉嵐道貌岸然，被官府以辱罵朝廷命官為由投進大獄。紀曉嵐見到奏章實為自己筆跡，百思不得其解。小月深夜潛入和府要盜出迷魂煙草，不料中了和珅的圈套，將假煙草拿回了紀府。紀曉嵐檢驗煙草的真偽，不料牙齒被煙草染黑。早朝時，和珅看到紀曉嵐閉口不語很是幸災樂禍，并千方百計的讓紀曉嵐在乾隆面前開口。紀曉嵐將計就計，引經據典，表示“黑齒”之舉只是為了提醒皇上理政之道。乾隆深感紀曉嵐的一番苦心，高興之余獎紀紀曉嵐煙草，紀曉嵐表示愿意用煙草換戴沾免罪。戴沾同意前往紀曉嵐家中繼續編纂《四庫全書》。和珅找到神父，表示要捐資修教堂，神父經受不住誘惑，將紀曉嵐佯裝找到迷魂煙草的真相全盤托了出。如玉與戴沾同在紀曉嵐家中。見到戴沾的正直之舉，如玉很是欽佩。

京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。