小說家萬田年久在旅館里趕寫小說，在編輯島木催稿離開房間后，萬田化裝成服務生，帶著貓咪諾貝爾離開了旅館。萬田路過柯南等人打簡易棒球的場地，進入了弟子原本高平的家。萬田從代理作者原本那里得到原稿后，將其殺害了。而偶然將球打入的柯南一行進入房間后發現了被殺的原本。柯南則發現了萬田的不自然。

當晚，這名潛入醫院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動，但同時FBI也暴露了行動，南田陸道在驅車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發展到這種地步，轉院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對策。另一方面，英祐伺機潛入了水無憐奈的病房，并發現她早已從昏迷中蘇醒。

柯南，小哀，步美等人與阿笠博士一同去了SFMP4電影《星劍戰記Ⅵ》的試映會。開場前，排著隊的柯南等人結識了攝影師建井文吾。原來，建井是這部電影的忠實影迷，他和女友亞美就是在這部電影的試映會上相識的。而這時建井卻突然接到電話走開，他不自然的行為引起了柯南的注意，最終柯南讓俺們阻止了建井的復仇行為并解開了建井的心結。

在FBI制定作戰計劃的同時黑暗組織就已經展開了行動，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測敵人的意圖時，杯戶中央醫院突然涌來大波病患，這無疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫院陸續出現送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫院爆炸，后果不堪設想，柯南和赤井秀一又會采取什么行動？

服部平次vs工藤新一 滑雪場的推理對決(上集)2平次和柯南打電話的時候，講起了自己在初中時期遇到的一個未曾謀面的勁敵。當時，平次和同學們一起來山里滑雪，不想遇見一起命案，而死者正是著名演員箕輪獎兵，這起案件與四年前曾在這里發生過的命案極其相似，受害者都是死在纜車上并且身邊的背包里全是雪。在調查過程中，服部總會從別人口中聽到一個同樣參與破案的初中生，而這個人正是工藤新一，服部不由和這個“隱形”對手較起了勁。