小五郎因?yàn)橹辛瞬势睅е√m和柯南一起享受可以在南紀(jì)白濱住上一晚的旅行，并在那里結(jié)識(shí)了寫生旅行的醫(yī)科大學(xué)學(xué)生新莊真紀(jì)，由良達(dá)彥，宮原加奈子，藤浩太，三井元，五人之間似乎有著復(fù)雜的關(guān)系。第二天毛利他們偶然遇見了藤浩。正巧慌張的三井給藤浩的手機(jī)打來了電話說三段壁的樹林里發(fā)現(xiàn)真紀(jì)胸口中刀被殺。而柯南發(fā)現(xiàn)散落在現(xiàn)場(chǎng)鑰匙的疑點(diǎn)。

少年偵探隊(duì)本來是跟著阿笠博士一起出來露營(yíng)，沒想到居然在森林中發(fā)現(xiàn)了一個(gè)鐘乳石洞穴，柯南四人立刻進(jìn)洞探險(xiǎn)，卻在這里碰到了一伙兒搬運(yùn)尸體的歹徒，而柯南為了掩護(hù)大家逃跑中彈受傷，之后，便血流不止，元太背著柯南尋找出口，可身后的歹徒也循著聲音疾步追來，失去了柯南的指引，少年偵探團(tuán)剩下的三人會(huì)采取什么樣的行動(dòng)？

在收集線索時(shí)，柯南并沒有像以前一樣提出很多的質(zhì)疑，反而竭盡全力的反駁服部的推測(cè)，之后他們?cè)谀硞€(gè)房間里發(fā)現(xiàn)了本不該出現(xiàn)在這里的拖把，有了這樣?xùn)|西，兇手的犯案手法就完全被破解了，但柯南仍然不甘心自己的這種猜測(cè)，于是他想要找到能推翻自己想法的證據(jù)，然而，事與愿違，越是深究事情就越是向自己不愿承認(rèn)的方向發(fā)展，面對(duì)如此不可置信的真相，柯南又該作何選擇？

倒在浴室的薰被送到醫(yī)院。因?yàn)檎也坏綒⒑λ龝r(shí)所使用的兇器而被認(rèn)為是外部人所為，柯南從寫著祝福話語的彩色信紙上發(fā)現(xiàn)是內(nèi)部人所為。在獨(dú)自調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)候柯南注意到大家送上祝福的祝福版上的不自然并推理出了犯人和犯人的犯罪手法。柯南單獨(dú)面對(duì)犯人說出自己的推理，犯人在證據(jù)面前承認(rèn)了自己的罪行，因?yàn)槔⒕沃氨阋呀?jīng)決定自殺的犯人在柯南的救助下活了下來而熏也搶救成功渡過危險(xiǎn)。

受到服部的邀請(qǐng)，小五郎、小蘭和柯南前往大阪參加一個(gè)名為3K餐廳的開幕酒會(huì)，餐廳老板是前職業(yè)拳擊手里卡巴雷、美國(guó)職棒投手邁克諾德和柯南的偶像職業(yè)足球選手雷卡迪斯三人，沒有想到就在柯南等人協(xié)助他們進(jìn)行一場(chǎng)秘密計(jì)劃的時(shí)候，槍聲突然響起，柯南和服部匆忙趕到發(fā)出槍聲的房間，發(fā)現(xiàn)美國(guó)報(bào)社記者埃德麥肯竟然被人槍殺橫尸屋內(nèi)，警方立刻對(duì)所有來賓進(jìn)行排查，另一邊服部發(fā)現(xiàn)柯南的表現(xiàn)很反常。