阿笠博士的朋友加納照也由于近日就要搬家的緣故，所以計劃將用不到的東西送給朋友，柯南等人在這里遇到了加納在愛犬協(xié)會的朋友綱島吉雄、土佐林和蓮木志乃，就在大家思考要帶什么東西回家作紀念的時候，加納家飼養(yǎng)的一只小狗道爾不見了，后來大家在焚化爐里找到道爾脖子上的項圈，但幸運的是焚化爐里并未發(fā)現(xiàn)狗的骨骸，那么，道爾到底被歹徒藏在哪里了？他又打算怎么帶走道爾呢？

灰原這么做的目的是要叮嚀柯南坦白有風險，讓他謹慎考慮，并在他面前擺出三個選擇，柯南會如何抉擇？另一邊，帝丹高中園游會的當天，話劇在體育場上演的時候，觀眾席竟然出現(xiàn)了謀殺案件，這時，突然出現(xiàn)了一位迷之少年，當他摘掉隱藏身份的帽子時，在場的所有人都驚呆了，許久未露面的工藤新一居然會出現(xiàn)在這里，然而，和葉卻揭穿了這個家伙的真實身份。

小五郎的車子出了故障，求助于偶爾路過的橘律師。因為車子一時之間修不好，便到了橘律師的別墅。橘律師因為貪污事件相當出名。突然小蘭發(fā)現(xiàn)出海的橘律師的船翻船，橘律師死亡，而柯南也發(fā)現(xiàn)原本橘律師身上的救身衣不翼而飛。而橘律師最近收到一個化名“T.K”的恐嚇信。名字縮寫為T.K的熊田達也的嫌疑劇增。

旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍子的出現(xiàn)，氣氛緩和許多。但就在幾小時后，龍藏在自己家被人殺害了。在調(diào)查現(xiàn)場后柯南找出了殺害龍藏的兇手，其實就是自己的親人，因為得不到父親贊同和支持而疼下殺手。

雖然對現(xiàn)場進行了調(diào)查，但警方無論如何都找不到?jīng)Q定性的證據(jù)，束手無策之時，小五郎提出了他的自殺論，并且得到了目暮警官的認同，就在警方準備以自殺結案時，話劇中的黑衣騎士突然出現(xiàn)，在否定了自殺論之后，他摘掉面具，而面具下面正是那張讓小蘭朝思暮想的面容，沒錯，真正的工藤新一登場，在進行了一番精彩絕倫的推理后，他卻再次昏倒……